建武十二年（公元36年 ，丙申年）
春季，正月，吴汉在鱼涪津打败公孙述的将领魏堂、公孙永，接着包围武阳。公孙述派女婿史兴去救援，吴汉迎战并击败了他，趁机进入犍为郡境内。犍为各县城的官员都据城坚守。刘秀下诏书让吴汉直接攻打广都，占据公孙述势力的核心地带。吴汉于是进军攻打广都并将其拿下，还派轻骑兵去烧毁成都市桥。公孙述的将领们十分恐惧，日夜有人叛逃，公孙述即使诛杀叛逃者全家，也无法制止。刘秀一心想劝公孙述投降，又下诏书告诉他：“别因为来歙、岑彭被杀害就心存疑虑，现在及时归降，还能保全宗族。我亲手写的诏书，机会难得，不会有很多次。”但公孙述始终没有投降的意思。
秋季，七月。冯骏攻克江州，抓获了田戎 。
刘秀告诫吴汉：“成都有十多万军队，不能轻视。你只要坚守广都，等他们来进攻，别主动和他们硬拼。要是他们不敢来，你就转移军营逼近，等他们疲惫了，再出击。”吴汉却趁着连胜的势头，亲自率领两万步兵和骑兵逼近成都。在离成都城十多里的地方，他背靠长江北岸扎营，架起浮桥，让副将武威将军刘尚率领一万多人驻扎在长江南岸，两座军营相距二十多里。刘秀得知后大惊失色，责备吴汉说：“之前给你千叮万嘱，怎么临阵就乱了方寸！你既轻敌深入，又和刘尚分开扎营，一旦有紧急情况，根本来不及互相救援。敌人要是出兵牵制你，再用大军攻打刘尚，刘尚一败，你也得完蛋。幸好现在还没出事，赶紧带兵撤回广都。”诏书还没送到，九月，公孙述果然派大司徒谢丰、执金吾袁吉率领十多万人，分成二十多个营，进攻吴汉，又派别的将领率一万多人去牵制刘尚，让他们无法相互救援。吴汉和敌军大战一天，战败后退回营垒，谢丰趁机包围了他。吴汉召集将领们激励道：“我们翻山越岭，转战千里，深入敌人地盘到了成都城下，现在我和刘尚两处被围，彼此孤立，形势危急。我打算悄悄带兵到南岸和刘尚会合，集中兵力抵抗。大家要是能齐心协力，各自为战，还有机会立大功；要是做不到，必定全军覆没。成败就在此一举了。”将领们都说：“行！”于是，他们犒劳士兵，喂饱战马，紧闭营门三天不出，还多插军旗，让烟火不断，制造假象。到了夜里，士兵们口中衔枚，悄悄带兵和刘尚会合。谢丰等人毫无察觉。第二天，他们分兵抵御江北的吴汉，自己则率军攻打江南。吴汉出动全部兵力迎战，从清晨打到傍晚，终于大败敌军，斩杀了谢丰、袁吉。之后，吴汉带兵撤回广都，留下刘尚抵御公孙述，并把情况详细上奏，深刻地自我检讨。刘秀回复说：“你撤回广都，做得很对，公孙述肯定不敢绕过刘尚来攻打你。要是他先攻刘尚，你从五十里外的广都率领全部步兵、骑兵赶去救援，正好能在他们疲惫困顿时发动攻击，一定能打败他们！”此后，吴汉和公孙述在广都到成都之间交战，八战八捷，最终把军队开到成都外城。臧宫攻克绵竹，拿下涪城，斩杀公孙恢；又接连攻下繁县、郫县，和吴汉在成都会师。
李通想避开权势，便上书请求退休。过了两年，刘秀才同意他上交大司空印绶，让他以特进的身份参加朝会。后来有关部门上奏分封皇子，刘秀感念李通最早参与谋划拥立自己，当天就封李通的小儿子李雄为召陵侯。
公孙述陷入困境，问延岑：“现在该怎么办？”延岑说：“男子汉就该在绝境中求生，怎么能坐以待毙！钱财容易聚集，别太舍不得。”公孙述于是把金银布帛全拿出来，招募了五千多名敢死队员交给延岑指挥。延岑在市桥虚张声势，竖起军旗，击鼓挑战，却暗中派奇兵绕到吴汉军后面发动袭击，吴汉战败落水，最后拽着马尾才得以逃生。此时汉军只剩七天的粮草，便偷偷准备船只，打算撤退。蜀郡太守南阳人张堪听说后，急忙去见吴汉，分析说公孙述必败，劝他不要撤军。吴汉听从了建议，故意示弱来引诱敌军。 冬季，十一月：臧宫率军进驻咸阳门；戊寅日，公孙述亲自率领几万人攻打吴汉，派延岑抵御臧宫。双方展开大战，延岑三次交战都获胜，从早晨打到中午，士兵们连饭都没吃，全都疲惫不堪。吴汉趁机派护军高午、唐邯率领几万精锐士兵发动攻击，公孙述的军队顿时大乱。高午冲入敌阵，一枪刺穿公孙述的胸部，公孙述坠马，左右随从将他抬回城里。公孙述把军队交给延岑指挥，当晚就死了。第二天一早，延岑献城投降。辛巳日，吴汉杀光了公孙述的妻子儿女，将公孙家族全部灭族，连延岑的家族也没放过，还纵容士兵大肆抢掠，放火烧毁了公孙述的宫殿。刘秀得知后十分愤怒，严厉斥责吴汉，又责备刘尚说：“成都城投降三天了，官吏百姓都已归顺，城里的老人、孩子数以万计，你们却突然放纵士兵放火，听了都让人痛心。刘尚你是皇族子孙，还担任过官职，怎么忍心做出这种事！你抬头看看天，低头看看地，想想秦西巴放鹿和乐羊喝儿子肉羹这两件事，哪个更仁义？你们这样做，完全违背了斩杀敌将、安抚百姓的道义！”
当初，公孙述征召广汉的李业担任博士，李业坚决称病不去。公孙述觉得请不动他很丢脸，就派大鸿胪尹融带着诏书去威胁李业：“你要是出来做官，就封你公侯之位；要是不出来，就赐你毒酒。”尹融劝说道：“如今天下四分五裂，谁能分清是非对错？你何必拿自己的性命去冒险呢！朝廷仰慕您的品德，空着官位等你七年了，四季的珍馐美味都惦记着你。你应该上为报答知己，下为子孙考虑，这样既能保全性命又能留下名声，不好吗？”李业感叹道：“古人说危险的国家不进入，混乱的国家不停留，就是这个道理。君子遇到危险要敢于献出生命，怎么能用高位厚禄来引诱我！”尹融说：“你还是和家人商量商量吧。”李业说：“我早就下定决心了，不用和妻子儿女商量！”于是喝下毒酒去世。公孙述怕担上杀害贤才的恶名，派人去吊唁祭祀，还赠送一百匹布帛，李业的儿子李翚逃走，拒绝接受。公孙述又征召巴郡的谯玄，谯玄不去，公孙述也派使者带着毒药去威胁他。太守亲自到谯玄家劝他动身，谯玄说：“我能保全志向和高洁品格，死了又有什么遗憾！”于是准备喝毒药。谯玄的儿子谯瑛哭着给太守磕头，愿意拿出千万家产来赎父亲的命，太守替他求情，公孙述才答应。公孙述还征召蜀郡的王皓、王嘉，怕他们不来，先把他们的妻子儿女抓起来。使者对王嘉说：“赶紧收拾行装，还能保住妻儿的性命。”王嘉回答：“狗和马都知道认主人，何况人呢！”王皓抢先自刎，把头交给使者。公孙述大怒，杀了王皓全家。王嘉听说后叹息道：“我还是慢了一步！”于是对着使者拔剑自杀。犍为人费贻不愿在公孙述手下做官，就用漆涂满全身，假装患癞疮，疯疯癫癫地躲避征召。同郡的任永、冯信都假装双目失明来拒绝应召。刘秀平定蜀地后，下诏书追赠常少为太常，张隆为光禄勋。谯玄已经去世，刘秀用中牢之礼祭祀他，命令当地官府退还他家的钱财，还在李业住的乡里立表表彰。刘秀征召费贻、任永、冯信，不巧任永、冯信因病去世，只有费贻出来做官，一直做到合浦太守。刘秀认为公孙述的将领程乌、李育有才干，都提拔任用了他们。从此，蜀地百姓都很高兴，纷纷归顺朝廷。
当初，王莽任命广汉人文齐为益州太守，文齐教导百姓务农，训练军队，使各少数民族归降，关系十分融洽。公孙述掌权时，文齐据险坚守，公孙述抓了他的妻子儿女，许诺封他为侯，文齐也不投降。他听说刘秀即位后，就从小路派使者去向刘秀汇报情况。蜀地平定后，文齐被征召担任镇远将军，封为成义侯。
十二月，辛卯日：扬武将军马成代理大司空一职。
这一年，参狼羌联合其他部族侵犯武都，陇西太守马援将他们击败，一万多人投降，陇右地区恢复安宁。马援注重广施恩惠，树立威信，对待下属宽厚，放手让官吏履行职责，自己只抓大事，因此家中每天都有很多宾客、旧友来访。各部门官员有时来汇报事情，马援就说：“这是丞、掾该干的事，何必来麻烦我！可怜可怜我这老头子，让我轻松点吧。要是有豪门大族欺负百姓，或者狡猾的官吏不服从命令，这才是我太守该管的事。”邻县曾经有人报仇，官吏百姓惊慌地说羌人反叛了，大家纷纷逃进城里。狄道县长跑到府衙，请求关闭城门、发兵防御。当时马援正和宾客喝酒，他大笑着说：“敌人哪敢再来侵犯我们！去告诉狄道县长，回去守好衙门。实在害怕得不行，躲到床底下也行。”后来事情渐渐平息，郡里的人都很佩服他。
刘秀下诏书说：“边境官吏力量不足时，能战就战，不能战就坚守；追击敌人、判断敌情，不必受‘逗留不进’的军法约束。”
山桑节侯王常、牟平烈侯耿况、东光成侯耿纯都去世了。耿况生病的时候，刘秀多次亲自去探望，还任命耿弇的弟弟耿广、耿举为中郎将。耿弇兄弟六人都做了大官，一同在病榻前照料耿况，当时的人们都觉得这是很荣耀的事。
卢芳勾结匈奴、乌桓的军队，多次侵犯边境。刘秀派骠骑大将军杜茂等人带兵镇守北方边境，修整飞狐道，修筑堡垒，设置烽火台。杜茂他们和匈奴、乌桓大大小小打了几十上百仗，却始终没能彻底打败对方。
刘秀下诏让窦融和河西五郡的太守来京城。窦融等人接到诏书就出发了，一路上跟着他们的官员、宾客很多，车马有一千多辆，马牛羊漫山遍野。到了京城后，窦融主动上交了侯爵的印绶。刘秀派使者把印绶还给了他，还召见了他们，赏赐丰厚，恩宠有加，这件事轰动了整个京城。不久后，刘秀任命窦融为冀州牧，又让梁统担任太中大夫，姑臧县长孔奋做武都郡丞。姑臧是河西地区最富饶的地方，当时天下还没安定，很多人品行不端。在姑臧做官的人，往往不到几个月就能积累大量财富。但孔奋在任四年，一直廉洁奉公，这反而被其他人嘲笑，说他身处富庶之地却不懂得给自己谋利。等他跟着窦融进京时，其他太守、县令拉着满车的财物，装满了河道、田野，只有孔奋没有钱财，独自一人乘车赶路，刘秀因此很赏识他。刘秀任命睢阳县令任延为武威太守，还亲自召见他，告诫说：“要好好侍奉上级官员，别坏了名声。”任延回答：“我听说忠臣不会无原则附和，迎合上级的臣子未必忠诚。坚守正道、一心为公，这才是做臣子的本分；上下都随声附和，对陛下没好处。好好侍奉上级这个要求，我不敢接受。”刘秀听了，赞叹道：“你说得对！”
建武十三年（公元37年 ）
春季，正月庚申日，大司徒侯霸去世。
正月戊子日，刘秀下诏书说：“各郡、封国以后不要再进贡珍稀美味，太官也不要再接受。那些用来祭祀宗庙的各地特产，还按原来的制度进献。”当时有外国进献了一匹名马，一天能跑一千里，还送了一把价值百金的宝剑。刘秀下诏把宝剑赐给了骑士，让名马去拉鼓车。刘秀向来不
春季，正月，吴汉在鱼涪津打败公孙述的将领魏堂、公孙永，接着包围武阳。公孙述派女婿史兴去救援，吴汉迎战并击败了他，趁机进入犍为郡境内。犍为各县城的官员都据城坚守。刘秀下诏书让吴汉直接攻打广都，占据公孙述势力的核心地带。吴汉于是进军攻打广都并将其拿下，还派轻骑兵去烧毁成都市桥。公孙述的将领们十分恐惧，日夜有人叛逃，公孙述即使诛杀叛逃者全家，也无法制止。刘秀一心想劝公孙述投降，又下诏书告诉他：“别因为来歙、岑彭被杀害就心存疑虑，现在及时归降，还能保全宗族。我亲手写的诏书，机会难得，不会有很多次。”但公孙述始终没有投降的意思。
秋季，七月。冯骏攻克江州，抓获了田戎 。
刘秀告诫吴汉：“成都有十多万军队，不能轻视。你只要坚守广都，等他们来进攻，别主动和他们硬拼。要是他们不敢来，你就转移军营逼近，等他们疲惫了，再出击。”吴汉却趁着连胜的势头，亲自率领两万步兵和骑兵逼近成都。在离成都城十多里的地方，他背靠长江北岸扎营，架起浮桥，让副将武威将军刘尚率领一万多人驻扎在长江南岸，两座军营相距二十多里。刘秀得知后大惊失色，责备吴汉说：“之前给你千叮万嘱，怎么临阵就乱了方寸！你既轻敌深入，又和刘尚分开扎营，一旦有紧急情况，根本来不及互相救援。敌人要是出兵牵制你，再用大军攻打刘尚，刘尚一败，你也得完蛋。幸好现在还没出事，赶紧带兵撤回广都。”诏书还没送到，九月，公孙述果然派大司徒谢丰、执金吾袁吉率领十多万人，分成二十多个营，进攻吴汉，又派别的将领率一万多人去牵制刘尚，让他们无法相互救援。吴汉和敌军大战一天，战败后退回营垒，谢丰趁机包围了他。吴汉召集将领们激励道：“我们翻山越岭，转战千里，深入敌人地盘到了成都城下，现在我和刘尚两处被围，彼此孤立，形势危急。我打算悄悄带兵到南岸和刘尚会合，集中兵力抵抗。大家要是能齐心协力，各自为战，还有机会立大功；要是做不到，必定全军覆没。成败就在此一举了。”将领们都说：“行！”于是，他们犒劳士兵，喂饱战马，紧闭营门三天不出，还多插军旗，让烟火不断，制造假象。到了夜里，士兵们口中衔枚，悄悄带兵和刘尚会合。谢丰等人毫无察觉。第二天，他们分兵抵御江北的吴汉，自己则率军攻打江南。吴汉出动全部兵力迎战，从清晨打到傍晚，终于大败敌军，斩杀了谢丰、袁吉。之后，吴汉带兵撤回广都，留下刘尚抵御公孙述，并把情况详细上奏，深刻地自我检讨。刘秀回复说：“你撤回广都，做得很对，公孙述肯定不敢绕过刘尚来攻打你。要是他先攻刘尚，你从五十里外的广都率领全部步兵、骑兵赶去救援，正好能在他们疲惫困顿时发动攻击，一定能打败他们！”此后，吴汉和公孙述在广都到成都之间交战，八战八捷，最终把军队开到成都外城。臧宫攻克绵竹，拿下涪城，斩杀公孙恢；又接连攻下繁县、郫县，和吴汉在成都会师。
李通想避开权势，便上书请求退休。过了两年，刘秀才同意他上交大司空印绶，让他以特进的身份参加朝会。后来有关部门上奏分封皇子，刘秀感念李通最早参与谋划拥立自己，当天就封李通的小儿子李雄为召陵侯。
公孙述陷入困境，问延岑：“现在该怎么办？”延岑说：“男子汉就该在绝境中求生，怎么能坐以待毙！钱财容易聚集，别太舍不得。”公孙述于是把金银布帛全拿出来，招募了五千多名敢死队员交给延岑指挥。延岑在市桥虚张声势，竖起军旗，击鼓挑战，却暗中派奇兵绕到吴汉军后面发动袭击，吴汉战败落水，最后拽着马尾才得以逃生。此时汉军只剩七天的粮草，便偷偷准备船只，打算撤退。蜀郡太守南阳人张堪听说后，急忙去见吴汉，分析说公孙述必败，劝他不要撤军。吴汉听从了建议，故意示弱来引诱敌军。 冬季，十一月：臧宫率军进驻咸阳门；戊寅日，公孙述亲自率领几万人攻打吴汉，派延岑抵御臧宫。双方展开大战，延岑三次交战都获胜，从早晨打到中午，士兵们连饭都没吃，全都疲惫不堪。吴汉趁机派护军高午、唐邯率领几万精锐士兵发动攻击，公孙述的军队顿时大乱。高午冲入敌阵，一枪刺穿公孙述的胸部，公孙述坠马，左右随从将他抬回城里。公孙述把军队交给延岑指挥，当晚就死了。第二天一早，延岑献城投降。辛巳日，吴汉杀光了公孙述的妻子儿女，将公孙家族全部灭族，连延岑的家族也没放过，还纵容士兵大肆抢掠，放火烧毁了公孙述的宫殿。刘秀得知后十分愤怒，严厉斥责吴汉，又责备刘尚说：“成都城投降三天了，官吏百姓都已归顺，城里的老人、孩子数以万计，你们却突然放纵士兵放火，听了都让人痛心。刘尚你是皇族子孙，还担任过官职，怎么忍心做出这种事！你抬头看看天，低头看看地，想想秦西巴放鹿和乐羊喝儿子肉羹这两件事，哪个更仁义？你们这样做，完全违背了斩杀敌将、安抚百姓的道义！”
当初，公孙述征召广汉的李业担任博士，李业坚决称病不去。公孙述觉得请不动他很丢脸，就派大鸿胪尹融带着诏书去威胁李业：“你要是出来做官，就封你公侯之位；要是不出来，就赐你毒酒。”尹融劝说道：“如今天下四分五裂，谁能分清是非对错？你何必拿自己的性命去冒险呢！朝廷仰慕您的品德，空着官位等你七年了，四季的珍馐美味都惦记着你。你应该上为报答知己，下为子孙考虑，这样既能保全性命又能留下名声，不好吗？”李业感叹道：“古人说危险的国家不进入，混乱的国家不停留，就是这个道理。君子遇到危险要敢于献出生命，怎么能用高位厚禄来引诱我！”尹融说：“你还是和家人商量商量吧。”李业说：“我早就下定决心了，不用和妻子儿女商量！”于是喝下毒酒去世。公孙述怕担上杀害贤才的恶名，派人去吊唁祭祀，还赠送一百匹布帛，李业的儿子李翚逃走，拒绝接受。公孙述又征召巴郡的谯玄，谯玄不去，公孙述也派使者带着毒药去威胁他。太守亲自到谯玄家劝他动身，谯玄说：“我能保全志向和高洁品格，死了又有什么遗憾！”于是准备喝毒药。谯玄的儿子谯瑛哭着给太守磕头，愿意拿出千万家产来赎父亲的命，太守替他求情，公孙述才答应。公孙述还征召蜀郡的王皓、王嘉，怕他们不来，先把他们的妻子儿女抓起来。使者对王嘉说：“赶紧收拾行装，还能保住妻儿的性命。”王嘉回答：“狗和马都知道认主人，何况人呢！”王皓抢先自刎，把头交给使者。公孙述大怒，杀了王皓全家。王嘉听说后叹息道：“我还是慢了一步！”于是对着使者拔剑自杀。犍为人费贻不愿在公孙述手下做官，就用漆涂满全身，假装患癞疮，疯疯癫癫地躲避征召。同郡的任永、冯信都假装双目失明来拒绝应召。刘秀平定蜀地后，下诏书追赠常少为太常，张隆为光禄勋。谯玄已经去世，刘秀用中牢之礼祭祀他，命令当地官府退还他家的钱财，还在李业住的乡里立表表彰。刘秀征召费贻、任永、冯信，不巧任永、冯信因病去世，只有费贻出来做官，一直做到合浦太守。刘秀认为公孙述的将领程乌、李育有才干，都提拔任用了他们。从此，蜀地百姓都很高兴，纷纷归顺朝廷。
当初，王莽任命广汉人文齐为益州太守，文齐教导百姓务农，训练军队，使各少数民族归降，关系十分融洽。公孙述掌权时，文齐据险坚守，公孙述抓了他的妻子儿女，许诺封他为侯，文齐也不投降。他听说刘秀即位后，就从小路派使者去向刘秀汇报情况。蜀地平定后，文齐被征召担任镇远将军，封为成义侯。
十二月，辛卯日：扬武将军马成代理大司空一职。
这一年，参狼羌联合其他部族侵犯武都，陇西太守马援将他们击败，一万多人投降，陇右地区恢复安宁。马援注重广施恩惠，树立威信，对待下属宽厚，放手让官吏履行职责，自己只抓大事，因此家中每天都有很多宾客、旧友来访。各部门官员有时来汇报事情，马援就说：“这是丞、掾该干的事，何必来麻烦我！可怜可怜我这老头子，让我轻松点吧。要是有豪门大族欺负百姓，或者狡猾的官吏不服从命令，这才是我太守该管的事。”邻县曾经有人报仇，官吏百姓惊慌地说羌人反叛了，大家纷纷逃进城里。狄道县长跑到府衙，请求关闭城门、发兵防御。当时马援正和宾客喝酒，他大笑着说：“敌人哪敢再来侵犯我们！去告诉狄道县长，回去守好衙门。实在害怕得不行，躲到床底下也行。”后来事情渐渐平息，郡里的人都很佩服他。
刘秀下诏书说：“边境官吏力量不足时，能战就战，不能战就坚守；追击敌人、判断敌情，不必受‘逗留不进’的军法约束。”
山桑节侯王常、牟平烈侯耿况、东光成侯耿纯都去世了。耿况生病的时候，刘秀多次亲自去探望，还任命耿弇的弟弟耿广、耿举为中郎将。耿弇兄弟六人都做了大官，一同在病榻前照料耿况，当时的人们都觉得这是很荣耀的事。
卢芳勾结匈奴、乌桓的军队，多次侵犯边境。刘秀派骠骑大将军杜茂等人带兵镇守北方边境，修整飞狐道，修筑堡垒，设置烽火台。杜茂他们和匈奴、乌桓大大小小打了几十上百仗，却始终没能彻底打败对方。
刘秀下诏让窦融和河西五郡的太守来京城。窦融等人接到诏书就出发了，一路上跟着他们的官员、宾客很多，车马有一千多辆，马牛羊漫山遍野。到了京城后，窦融主动上交了侯爵的印绶。刘秀派使者把印绶还给了他，还召见了他们，赏赐丰厚，恩宠有加，这件事轰动了整个京城。不久后，刘秀任命窦融为冀州牧，又让梁统担任太中大夫，姑臧县长孔奋做武都郡丞。姑臧是河西地区最富饶的地方，当时天下还没安定，很多人品行不端。在姑臧做官的人，往往不到几个月就能积累大量财富。但孔奋在任四年，一直廉洁奉公，这反而被其他人嘲笑，说他身处富庶之地却不懂得给自己谋利。等他跟着窦融进京时，其他太守、县令拉着满车的财物，装满了河道、田野，只有孔奋没有钱财，独自一人乘车赶路，刘秀因此很赏识他。刘秀任命睢阳县令任延为武威太守，还亲自召见他，告诫说：“要好好侍奉上级官员，别坏了名声。”任延回答：“我听说忠臣不会无原则附和，迎合上级的臣子未必忠诚。坚守正道、一心为公，这才是做臣子的本分；上下都随声附和，对陛下没好处。好好侍奉上级这个要求，我不敢接受。”刘秀听了，赞叹道：“你说得对！”
建武十三年（公元37年 ）
春季，正月庚申日，大司徒侯霸去世。
正月戊子日，刘秀下诏书说：“各郡、封国以后不要再进贡珍稀美味，太官也不要再接受。那些用来祭祀宗庙的各地特产，还按原来的制度进献。”当时有外国进献了一匹名马，一天能跑一千里，还送了一把价值百金的宝剑。刘秀下诏把宝剑赐给了骑士，让名马去拉鼓车。刘秀向来不