永元四年，壬辰年（公元92年）
正月，朝廷派大将军左校尉耿夔给于除鞬授予印绶，又让中郎将任尚带着符节，像以前对待南单于那样，率军驻守伊吾，保护于除鞬。
早些时候，庐江人周荣在袁安的官府里做事。袁安向朝廷弹劾窦宪、窦景兄弟，以及争议立北单于这些事，奏章都是周荣起草的。窦氏的门客、太尉府的属官徐齮非常痛恨周荣，威胁他说：“你帮袁公出谋划策，弹劾窦家。窦家的那些凶汉、刺客在城里到处都是，你可得小心了！”周荣却毫不畏惧，说：“我周荣出身江淮，能在官府任职已是幸运。就算被窦家害死，我也心甘情愿！”他还叮嘱妻子儿女：“要是我突然遭遇不测，不要给我收殓下葬，我希望用这微不足道的身躯，让朝廷醒悟。”
三月癸丑日，司徒袁安去世。闰月丁丑日，朝廷任命太常丁鸿为司徒。
夏天四月丙辰日，窦宪返回京城。
六月戊戌初一，发生了日食。丁鸿上书给皇帝说：“以前吕氏家族把持朝政，差点让皇位改了姓；汉哀帝、汉平帝末年，皇家宗庙都没人祭祀了。所以说，就算和皇帝关系像周公那样亲近，但没有相应的品德，也不能让他掌握大权。现在大将军窦宪虽然表面上想约束自己，不敢有僭越的行为，但天下各地的人，都害怕他，只听他的命令。刺史、二千石这样的官员刚被任命，要先去拜见他，请求通报接见，就算手里拿着皇帝给的符玺，接到尚书台的命令，也不敢马上赴任，有的人一等就是几十天。大家不把朝廷当回事，都去投靠私人势力，这说明皇上的威严减弱，下面的权力太大了。人在下面做违背常理的事，上天就会出现相应的征兆。就算阴谋藏得再深，神灵也能看透，还会通过天象发出警告，提醒皇帝。在坏事刚冒头时制止很容易，等事情闹大了再补救就难了。人们总是忽视小事，结果酿成大祸。因为讲恩情就不忍心教导，讲情义就不忍心割舍，可等事情发生后，才明白当初该怎么做。上天必须刚健，不然日月星三光就不明朗；皇帝必须强势，不然下面的官员就会肆意妄为。应该趁着这次日食大变，改革政治，纠正失误，来回应上天的警示。”
丙辰日，十三个郡国发生了地震。接着又遭遇旱灾和蝗灾。
窦宪父子兄弟都在朝廷担任卿、校等重要官职，势力遍布朝廷。穰侯邓叠、邓叠的弟弟步兵校尉邓磊，还有他们的母亲元，窦宪的女婿射声校尉郭举，郭举的父亲长乐少府郭璜，这些人相互勾结。元、郭举经常出入皇宫，郭举还得到太后的宠爱，他们竟然合谋要杀害皇帝。皇帝暗中知道了他们的阴谋。当时，窦宪兄弟独揽大权，皇帝和朝廷内外的大臣都没办法亲近交流，身边只有宦官陪着。皇帝觉得朝廷上下的人都依附窦宪，只有中常侍钩盾令郑众做事谨慎机敏、心思缜密，不投靠权贵，于是就和郑众商量要杀掉窦宪。因为窦宪当时在外地，皇帝担心他起兵叛乱，所以一直忍着没动手。正好窦宪和邓叠回到京城。
清河王刘庆很受皇帝宠爱，经常能进宫在宫里过夜。皇帝准备动手铲除窦氏，想要看《外戚传》，但又怕身边的人是窦氏的眼线，不敢派人去拿，就让刘庆私下找千乘王借来，夜里悄悄送进宫。皇帝还让刘庆传话给郑众，让他查找以前类似的处理办法。
庚申日，皇帝来到北宫，下令让执金吾和五校尉带兵驻守南、北宫，关闭城门，逮捕了郭璜、郭举、邓叠、邓磊，把他们关进监狱处死。又派谒者仆射收回窦宪的大将军印绶，将他改封为冠军侯，让他和窦笃、窦景、窦瑰都回各自的封国。皇帝因为太后的缘故，不想公开处死窦宪，特意挑选严厉能干的封国丞相去监督他们。窦宪、窦笃、窦景回到封国后，都被逼自杀了。
之前，河南尹张酺多次依法惩治窦景。窦氏倒台后，张酺上书说：“窦宪他们得宠的时候，大臣们争着阿谀奉承，都说窦宪受了皇帝临终托付，有伊尹、姜子牙那样的忠心，甚至把窦太后比作周文王的母亲太姒。现在窦宪失势，大家又都说他该死，完全不管前后说法矛盾。我觉得夏阳侯窦瑰一直忠心善良，之前和我聊天，经常说要为国尽忠。他还约束自己的门客，没犯过法。我听说圣王处理亲属犯罪，有‘三宥’的原则，惩罚宁可轻一点，也别太重。现在有人想给窦瑰选个严厉的封国丞相，我担心这样会把他逼得走投无路，他恐怕难以保命。应该对他宽大处理，彰显皇上的厚德。”皇帝被他的话打动，窦瑰因此得以保全性命。窦氏家族和门客中，因为窦宪的关系做官的，都被免官，打发回原籍。
班固的奴仆曾经喝醉后辱骂洛阳令种兢，种兢借着逮捕审讯窦氏门客的机会，把班固抓进监狱，班固死在了狱中。班固生前写《汉书》，还没写完，皇帝下诏让班固的妹妹、曹寿的妻子班昭接着把书写完。
华峤评论说：班固写史书叙事，既不过分渲染，也不刻意压抑，内容丰富又不杂乱，详细又有条理，让人读起来爱不释手，确实配得上他的名声！不过班固批评司马迁的观点和圣人不符，可他自己写的评论，却常常贬低为气节而死的人，否定正直的行为，也不宣扬杀身成仁的美好品德，可见他轻视仁义、不看重守节到了什么程度！
当初窦宪娶妻，全国各地的郡国都派人送礼庆贺。汉中郡也打算派官员去。户曹李合劝太守说：“窦将军是皇后的亲戚，不注重品德修养，还独断专行、骄横放肆，他的灭亡很快就会到来。希望您一心忠于朝廷，别和他来往。”太守非要派人去，李合拦不住，就请求自己去，太守答应了。李合一路上故意走走停停，观察形势变化，走到扶风的时候，窦宪就被打发回封国了。凡是和窦宪有来往的官员都被免了职，只有汉中太守没有受到牵连。
皇帝封袁安的儿子袁赏为郎官，任隗的儿子任屯为步兵校尉，郑众升任大长秋。皇帝论功行赏时，郑众每次都推辞，只接受很少的赏赐，皇帝因此觉得他很贤能，经常和他讨论国家大事。从此，宦官开始参与朝政。
秋天七月己丑日，太尉宋由因为和窦氏是同党，被皇帝下诏书免职，宋由自杀。八月辛亥日，司空任隗去世。癸丑日，朝廷任命大司农尹睦为太尉。太傅邓彪因为年老多病，交还了掌管朝廷机要的职权，皇帝下诏同意，让尹睦代替邓彪兼管尚书事务。冬天十月己亥日，朝廷任命宗正刘方为司空。
武陵、零陵、澧中一带的蛮人发动叛乱。护羌校尉邓训去世，官员、百姓，还有羌人、胡人，每天几千人从早到晚来吊唁。有的羌人、胡人甚至用刀割自己的身体，还杀掉自家的狗、马、牛、羊，说：“邓使君死了，我们也不想活了！”以前归附的乌桓官兵都跑到路上痛哭，城里都空了。官吏想拦住他们，他们不听。官吏把这事报告给校尉徐傿，徐傿感叹说：“这是为了情义啊！”就把他们放了。大家还家家户户给邓训立祠庙，以后谁要是生病了，就去邓训的祠庙祈祷求福。
蜀郡太守聂尚接替邓训担任护羌校尉，他想用恩惠感化羌人，就派翻译去劝说迷唐，让他回到大、小榆谷居住。迷唐回来后，派祖母卑缺去拜见聂尚，聂尚亲自把卑缺送到边塞，还举办送别仪式，又让翻译田汜等五人护送卑缺回部落。没想到迷唐马上就反叛了，联合其他部落把田汜等人杀了，还把尸体分割，用他们的血盟誓，再次侵犯金城塞。聂尚因此被免职。
永元五年， 癸巳年（公元93年）
春天正月乙亥日，皇帝在明堂祭祀祖宗，登上灵台观察天象，随后大赦天下。
戊子日，千乘贞王刘伉去世。
辛卯日，皇帝封自己的弟弟刘万岁为广宗王。
甲寅日，太傅邓彪离世。
戊午日，陇西发生地震。
夏天四月壬子日，朝廷重新册封阜陵殇王的哥哥刘鲂为阜陵王。
九月辛酉日，广宗王刘万岁去世，因为他没有儿子，所以封国被取消。
之前窦宪立了于除鞬为北单于，还想帮他回到北匈奴的旧地，可窦宪被杀后，这件事就搁置了。于除鞬自己反叛，又向北逃走，皇帝下诏派将兵长史王辅带领一千多骑兵，和任尚一起去追击讨伐，最终杀了于除鞬，消灭了他的部众。耿夔打败北匈奴后，鲜卑族趁机迁移，占据了北匈奴原来的地盘。当时，留在原地的匈奴人还有十多万部落，他们都自称鲜卑，从此，鲜卑族逐渐强大起来。
冬天十月辛未日，太尉尹睦去世。
十一月乙丑日，太仆张酺被任命为太尉。张酺和尚书张敏等人上奏说：“射声校尉曹褒，擅自制定汉朝的礼仪制度，破坏了正统的学术，应该处以刑罚。”他们一共上了五次奏章。皇帝知道张酺只死守旧学问，不懂变通，虽然没有批准他们的奏请，但曹褒制定的汉礼也没能推行下去。
这一年，武陵郡的军队打败了反叛的蛮人，让他们归降。梁王刘畅和随从官员卞忌通过祭祀祈求福气，卞忌等人讨好刘畅说：“神灵说大王您将来会成为天子。”刘畅还回应了他们。这件事被有关部门知道后上奏给皇帝，建议把刘畅抓到诏狱审讯。皇帝没有同意，只是削去了刘畅封国中的成武、单父两个县。刘畅又惭愧又害怕，上书狠狠地责备自己说：“我生性狂妄愚蠢，不懂规矩，犯了死罪，本应被公开处死。陛下您圣德浩荡，法外施恩赦免了我。我知道这样的宽大不会再有第二次，以后一定严格约束自己和家人，不再有越轨行为，也不会随意浪费钱财。封国的租税收入有剩余，我请求只保留睢阳、穰熟、虞、蒙、宁陵五个县的食邑，退还其他四个县。我有三十七位小妾，没有孩子的，愿意让她们回娘家。我会挑选二百个谨慎老实的奴婢留下，其他的虎贲卫士、骑官，还有各种工匠、乐师、奴仆、兵器、马匹等，都归还给官府。我作为皇室近亲，扰乱了国家教化，玷污了清正风气，如今能保住性命，实在没脸再住在大宫殿里，享受大国的食邑，拥有众多官员，存放各种财物，希望陛下开恩答应我的请求。”皇帝下诏书好言安慰，没有同意他的请求。
护羌校尉贯友派翻译去离间各个羌人部落，用财物诱惑他们，羌人部落因此瓦解。接着，贯友派兵出塞，在大、小榆谷攻打迷唐，斩杀、俘虏八百多人，收获几万斛麦子。然后在逢留大河两岸修筑城堡，建造大船和河桥，打算渡河攻打迷唐。迷唐只好率领部落远远地迁徙，到赐支河曲一带居住。
匈奴单于顿屠何去世，单于宣的弟弟安国被立为单于。安国以前做左贤王的时候，没什么好名声。等他做了单于，前单于适的儿子左谷蠡王师子按顺序升为左贤王。师子向来勇敢机智，有谋略，前单于宣和屯屠何都欣赏他的果敢，多次派他带兵出塞攻打北匈奴，回来后给他丰厚赏赐，皇帝对他也特别优待。所以匈奴国内的人都敬重师子，不拥护安国，安国就想杀掉师子。那些新投降的胡人，之前在塞外多次被师子驱赶掠夺，大多怨恨他。安国就和这些投降的胡人合谋，想除掉师子。师子察觉到了他们的阴谋，就搬到五原郡界内单独居住，每次匈奴王庭开会，师子就称病不去。度辽将军皇甫棱知道这件事后，也保护师子，不让他去，单于安国因此更加愤怒。
永元六年（公元94年）
春天正月，皇甫棱被免职，朝廷让执金吾朱徽代理度辽将军。当时，单于安国和中郎将杜崇关系不好，安国就上书控告杜崇。杜崇却暗示西河太守扣下了安国的奏章，让安国没办法把自己的想法告诉皇帝。于是，杜崇和朱徽一起上书说：“南单于安国疏远旧部胡人，亲近新投降的人，还想杀掉左贤王师子和左台且渠刘利等人；而且，右部投降的人，谋划一起胁迫安国起兵反叛，请西河、上郡、安定等地做好防备。”皇帝把这件事交给公卿大臣们讨论，大家都认为：“蛮夷之人反复无常，虽然难以预测他们的想法，但我们大军集结，他们应该不敢轻易行动。现在应该派有谋略的使者去单于王庭，和杜崇、朱徽以及西河太守一起，观察匈奴的动静。如果没有变故，可以让杜崇等人在王庭会见安国和他的大臣，追究那些横行霸道、危害边疆的人，共同惩处罪犯。要是他们不听从命令，就见机行事，等事情结束后，再进行适当赏赐，这样也足以威慑各个蛮夷部落。”皇帝采纳了这个建议，朱徽和杜崇就发兵到匈奴王庭。安国夜里听说汉军来了，十分惊恐，扔下营帐逃跑了。随后他起兵想杀师子，师子提前得知消息，带着全部人马进入曼柏城。安国追到城下，城门紧闭，进不去。朱徽派官员去劝说他们和解，安国不听。攻城不成，安国就带兵驻扎在五原。杜崇、朱徽又征调各郡骑兵紧急追击，匈奴众人非常恐慌。安国的舅舅骨都侯喜为等人担心自己会被牵连诛杀，就杀了安国，拥立师子为亭独尸逐侯鞮单于。
己卯日，司徒丁鸿去世。
二月丁未日，司空刘方被任命为司徒，太常张奋被任命为司空。
夏天五月，城阳怀王刘淑去世，因为没有儿子，他的封国被取消。
西域都护班超展现出非凡的军事才能和领导力。他征调龟兹、鄯善等八个国家的军队，一共七万多人，去讨伐焉耆。大军抵达焉耆城下后，班超把焉耆王广、尉犁王泛等人引诱到陈睦故城，将他们斩杀，并把首级送到京城。接着，班超的军队在当地进行清扫，斩杀了五千多人，俘虏一万五千人，还重新立焉耆左侯元孟为焉耆王。班超在焉耆停留了半年，安抚当地百姓。经过这次行动，西域五十多个国家都送质子到汉朝，表示臣服，就连远在四万里外、要经过多重翻译才能沟通的国家，也来进贡，西域地区在班超的努力下，与汉朝的联系更加紧密。
南单于师子即位后，五六百个投降的胡人在夜里袭击师子，安集掾王恬带领卫士迎战，打败了叛军。但这一袭击引发了连锁反应，十五个部落的二十多万人都起来反叛，他们胁迫前单于屯屠何的儿子薁鞬日逐王逢侯为单于。叛军烧杀抢掠，焚烧邮亭和营帐，带着辎重前往朔方，打算越过沙漠向北逃窜。九月癸丑日，朝廷任命光禄勋邓鸿代理车骑将军，和越骑校尉冯柱、代理度辽将军朱徽一起，率领左右羽林军、北军五校士兵，以及各郡国善于射箭的士卒和边疆守军，同时乌桓校尉任尚率领乌桓、鲜卑的军队，总共四万人去讨伐叛军。当时，南单于师子和中郎将杜崇驻扎在牧师城，逢侯率领一万多骑兵包围了他们。冬天十一月，邓鸿等人到达美稷，逢侯才撤围离开，前往满夷谷。南单于派儿子率领一万骑兵，和杜崇的四千骑兵，与邓鸿等人在大城塞追击逢侯，斩杀四千多人。任尚率领鲜卑、乌桓的军队在满夷谷截击逢侯，又大败叛军，前后一共斩杀一万七千多人。最后，逢侯率领部众逃出塞外，汉军无法继续追击，只能撤回。
朝廷任命大司农陈宠为廷尉。陈宠生性仁慈，经常审议疑难案件，每次都依据经典，力求宽大处理，当时严苛的司法风气因此有所改善。
皇帝想让尚书令江夏人黄香担任东郡太守，黄香推辞说：“我治理郡县的能力不足，不适合担任这个职务。恳请陛下让我留在京城做个闲职，或者给我一个小差事，让我处理朝廷中的繁杂事务。”皇帝于是把黄香继续留在尚书令的职位上，还给他增加俸禄，让他享受二千石的待遇，对他十分亲近和重用。黄香也勤恳地处理各种事务，为公事操心就像为家事操心一样。
永元七年（公元95年）
春天正月，邓鸿等人率领的军队返回朝廷，冯柱则带领虎牙营留在五原驻守。邓鸿因为作战时停留不前、战事失利，被关进监狱，最终处死。后来皇帝了解到，朱徽和杜崇没能与胡人保持友好关系，还禁止胡人上书申诉，这才导致胡人反叛，于是将朱徽和杜崇召回，打入大牢，二人也被处死。
到了夏天四月辛亥初一，出现了日食现象。秋天七月乙巳日，易阳发生地裂。九月癸卯日，京城发生地震。乐成王刘党因为犯了杀人罪，他的封国被削去东光、鄡两个县。
永元八年（公元96年）
春天二月，贵人阴氏被立为皇后。阴皇后是阴识的曾孙女。
夏天四月癸亥日，乐成靖王刘党去世。他的儿子哀王刘崇继位，但很快也离世了，而且没有子嗣，于是乐成国被撤销。
五月，河内和陈留地区闹起了蝗灾。南匈奴右温禺犊王乌居战反叛，逃出边塞。秋天七月，度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱带兵追击，打败了叛军，将剩余的部众以及其他投降的胡人两万多人，迁移到安定和北地安置。
西域这边也不太平，东师后部王涿鞮反叛，攻打前部王尉毕大，还抓走了尉毕大的妻子儿女。九月，京城也遭遇了蝗灾。
冬天十月乙丑日，北海王刘威，因为被查出不是齐敬王的亲生儿子，还犯了诽谤罪，最终自杀。十二月辛亥日，陈敬王刘羡去世。丁巳日，南宫的宣室殿发生火灾。
护羌校尉贯友去世后，汉阳太守史充接替他的职位。史充到任后，就征调湟中的羌人和胡人，出兵塞外攻打迷唐。没想到迷唐迎战，打败了史充的军队，斩杀数百人。史充因此被召回治罪，代郡太守吴祉又接替了护羌校尉一职。
永元九年（公元97年）
春天三月庚辰日，陇西发生地震。癸巳日，济南安王刘康去世。西域长史王林攻打车师后王，并将其斩杀。
夏天四月丁卯日，朝廷封乐成王刘党的儿子刘巡为乐成王。五月，皇后的父亲、屯骑校尉阴纲被封为吴防侯，以特进的身份回家休养。
六月，出现了干旱和蝗灾。
秋天八月，鲜卑侵犯肥如，辽东太守祭参因为作战失利，被关进监狱处死。
闰月辛巳日，皇太后窦氏去世。当初梁贵人死后，宫廷里的事情一直保密，没人知道皇帝是梁贵人所生。舞阴公主的儿子梁扈，派堂兄梁襃给太尉、司徒、司空三府上奏，说按照汉朝旧例，应该尊崇皇帝生母，可梁贵人亲自养育了皇帝，却没得到尊号，希望能重新商议这件事。太尉张酺向皇帝汇报后，皇帝感动哀伤了很久，问张酺该怎么办。张酺建议追封尊号，并重用梁贵人的兄弟们。皇帝采纳了这个建议。这时，梁贵人的姐姐、南阳樊调的妻子梁嫕也上书为自己鸣冤，说父亲梁竦冤死狱中，尸骨未葬，母亲年过七十，弟弟梁棠等人远在他乡，生死未卜，希望能让父亲尸骨还乡，让母亲和弟弟回到家乡。皇帝召见梁嫕后，才知道梁贵人含冤而死的详情。三公上奏，建议按照光武帝废除吕太后尊号的旧例，贬去窦太后的尊号，而且不应让她与先帝合葬，很多官员也纷纷上书支持。但皇帝亲自下诏说：“窦氏虽然不遵守法度，但太后生前常常自我约束。我侍奉太后十年，深思大义，按照礼法，臣子不能有贬低尊长的行为，从恩情上我不忍心与太后分离，从道义上也不忍心损害她的名誉。参考前朝，上官太后也没有被降黜，这件事就不要再讨论了。”丙申日，窦太后被安葬，谥号为章德皇后。
烧当羌的迷唐率领八千部众侵犯陇西，胁迫塞内各个羌人部落，集结了三万步兵和骑兵，打败了陇西的汉军，还杀了大夏县长。皇帝下诏，派代理征西将军刘尚、越骑校尉赵世为副将，带领汉军、羌人、胡人共三万人前去讨伐。刘尚驻扎在狄道，赵世驻扎在枹罕，刘尚派司马寇盱监督各郡军队，从四面会合。迷唐害怕了，带着老弱病残逃到临洮南。刘尚等人追到高山，大破迷唐军队，斩杀俘虏一千多人，但汉军死伤也不少，无法继续追击，只能撤回。
九月庚申日，司徒刘方被皇帝下诏书免职，他随后自杀。甲子日，皇帝追尊梁贵人为皇太后，谥号恭怀，并按丧制为她服丧。冬天十月乙酉日，将梁太后和她的姐姐大贵人改葬在西陵。樊调被提升为羽林左监。皇帝追封并谥号皇太后的父亲梁竦为褒亲愍侯，派使者迎回他的灵柩，安葬在恭怀皇后陵墓旁，还把梁竦的妻子儿女接回京城。梁竦的儿子梁棠被封为乐平侯，梁棠的弟弟梁雍被封为乘氏侯，梁雍的弟弟梁翟被封为单父侯，他们都被授予特进的职位，得到的赏赐数以万计，一时之间无比荣耀，梁氏家族从此兴盛起来。
清河王刘庆这才敢请求去祭扫生母宋贵人的坟墓，皇帝答应了他的请求，还下诏让太官一年四季提供祭祀用品。刘庆流着泪说：“我活着的时候没能侍奉母亲，如今死后能奉祭她，心愿已足！”他本想修建祠堂，但又担心会有和恭怀梁太后攀比的嫌疑，所以不敢说出口，常常对着身边的人哭泣，把这件事当作终身遗憾。后来他上书说外祖母王氏年事已高，希望能到洛阳治病。皇帝于是下诏让宋氏一家都回到京城，还任命刘庆的舅舅宋衍、宋俊、宋盖、宋暹等人做了郎官。
十一月癸卯日，光禄勋、河南人吕盖被任命为司徒。
十二月丙寅日，司空张奋被罢免。壬申日，太仆韩棱被任命为司空。
西域都护定远侯班超，派属官甘英出使大秦（罗马帝国）和条支。甘英一路向西，走到西海（今波斯湾），这些地方都是前人从未到过的。他详细了解了当地的风土人情，还带回了各种珍奇物品的传说。当甘英走到安息西部边界，临近大海准备渡海时，船夫告诉他：“这片海域太辽阔了，顺风的时候，往来需要三个月才能渡过；要是遇到逆风，有的人甚至要两年。所以出海的人，都要带上三年的粮食。而且在海上容易让人思乡，很多人因此死去。”甘英听后，只好停止前行。
永元十年（公元98年）
夏天五月，京城遭遇大水灾。秋天七月己巳日，司空韩棱去世。八月丙子日，太常、泰山人巢堪被任命为司空。冬天十月，五个州都下了大雨，引发水灾。
代理征西将军刘尚、越骑校尉赵世，因为作战畏缩怯懦被召回，关进监狱后被免职。谒者王信接管刘尚的军队，驻扎在枹罕；谒者耿谭接管赵世的军队，驻扎在白石。耿谭设置奖赏，吸引了不少羌人部落前来归附。迷唐害怕了，就请求投降，王信和耿谭于是接受投降，撤回军队。十二月，迷唐等人率领部众到京城进贡。
戊寅日，梁节王刘畅去世。当初，居巢侯刘般去世后，他的儿子刘恺本应继承爵位，但刘恺声称这是父亲的遗愿，要把爵位让给弟弟刘宪，然后离家逃走，躲了很长时间。有关部门上奏，请求取消刘恺的封国。汉肃宗赞赏他的仁义之举，特别宽容对待，可刘恺还是不肯出来。十多年后，有关部门再次上奏此事，侍中贾逵上书说：“孔子说‘能以礼让治国，还有什么困难呢’。有关部门不体谅刘恺乐于行善的心意，却用常规法律来约束他，这样恐怕不利于弘扬谦让的风气，形成包容的教化。”皇帝采纳了贾逵的建议，下诏说：“国家法律鼓励善行，成全美好的品德，准许刘宪继承爵位。但这是特殊情况，以后不能以此为例。”随后征召刘恺，任命他为郎官。
永元十一年（公元99年）
南单于师子去世后，单于长的儿子檀继位，称为万氏尸逐鞮单于。
这年夏天四月丙寅日，皇帝大赦天下，很多犯人因此得到了改过自新的机会。
在一次朝会时，皇帝把众多儒者召集起来，让中大夫鲁丕与侍中贾逵、尚书令黄香等人，就一些学术问题展开辩论。鲁丕的观点和论述很受皇帝认可，朝会结束后，皇帝还特意赏赐了他衣帽。鲁丕趁机上书说：“我听说讲解经典，是传承先师的言论，不是自己随意发挥，所以在学术讨论时不能相互谦让。一旦谦让，道理就讲不清楚了，就像规矩和权衡不能歪曲一样。辩论时，提出质疑的人一定要讲清依据，回答问题的人要确立自己的观点，那些华而不实的空话就不要说了。这样一来，大家不用费太多精力思考，真理却能更加彰显。如果学术观点不同，就让大家各自阐述师门学说，广泛探讨其中的道理，不要让普通人因为发表见解而获罪，以免遗漏那些来自民间的真知灼见。”
永元十二年（公元100年）
夏天四月戊辰日，秭归发生山体崩塌，巨大的山石滚落，给当地带来不小的灾害。
秋天七月辛亥初一，出现了日食现象。
九月戊午日，太尉张酺被免职。丙寅日，朝廷任命大司农张禹为太尉。
烧当羌的首领迷唐之前入朝归降，此时他剩下的部众不到两千人，又饿又困，难以维持生计，便进入金城居住。皇帝下令让迷唐带领部众回到大、小榆谷，但迷唐觉得汉朝在那里修建了河桥，军队能随时过来，原来的地方不能再住了，还借口说部众饥饿，不肯远离。护羌校尉吴祉等人给了迷唐很多金银布帛，让他买粮食、牲畜，催促他出塞。可这样一来，羌人反而更加猜疑、惊恐。这一年，迷唐再次反叛，胁迫湟中的各个胡人部落，抢劫一番后逃离，王信、耿谭、吴祉都因此被召回治罪。
永元十三年（公元101年）
秋天八月己亥日，北宫的盛馔门阁发生火灾，熊熊大火吞噬了建筑，造成不小损失。
迷唐又回到赐支河曲，还带兵逼近边塞。护羌校尉周鲔与金城太守侯霸，联合各郡军队以及属国的羌人、胡人，总共三万人出兵塞外，抵达允川。侯霸率军打败了迷唐，他的部众四处逃散，有六千多人投降，这些人被分别安置到汉阳、安定、陇西。从此迷唐势力衰弱，他远远地越过赐支河源头，去投靠发羌居住。过了很久，迷唐病死，他的儿子前来归降，此时他们的部落实力大减，只剩下不满十户人家。
荆州地区雨水泛滥，给百姓生活和农业生产带来诸多困难。
冬天十一月丙辰日，皇帝下诏说：“幽州、并州、凉州人口本来就少，边境的徭役又繁重，品行端正的好官吏晋升之路十分狭窄。安抚外族，关键在于人才，现在规定边境各郡，人口十万以上的，每年推举一名孝廉；不满十万的，两年推举一人；五万以下的，三年推举一人。”
鲜卑侵犯右北平，接着又进入渔阳，不过被渔阳太守打败了。
戊辰日，司徒吕盖因为年老多病，辞去官职回家养老。
巫蛮许圣因为不满郡里税收不均，心中怨恨，于是发动叛乱。辛卯日，他们开始攻打南郡，当地局势变得紧张起来。
永元十四年（公元102年）
春天，安定郡归降的烧何种羌人反叛，但很快被郡里的军队消灭。当时，西海以及大、小榆谷一带没有了羌人的侵扰，隃麋相曹凤上书说：“自从建武年间以来，西羌人作乱，常常是烧当种带头。之所以这样，是因为他们居住的大、小榆谷土地肥沃，还有西海的渔业、盐业之利，又有大河作为天然屏障。而且，他们靠近塞内的其他羌人部落，很容易煽动作乱，却难以被攻打，所以能发展壮大，在各个羌人部落中称雄，凭借势力和勇猛，招揽引诱其他羌人、胡人一起闹事。现在烧当种衰落困顿，同伙和外援都没了，四处逃亡，远远地投靠发羌。我认为应该趁着这个时机，重新设立西海郡县，巩固大、小榆谷地区，广泛开展屯田。这样既能阻断羌人、胡人相互勾结的通道，又能杜绝他们作乱的念头。还能生产粮食充实边疆，减少物资运输的劳役，国家就不用担心西方边境的问题了。”皇帝采纳了他的建议，修缮原来的西海郡，把金城西部都尉调过去驻守，任命曹凤为金城西部都尉，驻扎在龙耆。后来又扩大屯田规模，在黄河两岸排列屯田点，一共有三十四个。这项事业眼看着就要成功了，不巧永初年间羌人再次反叛，屯田的事只好作罢。
三月戊辰日，皇帝到辟雍举行宴饮和射箭礼仪，并大赦天下。
夏天四月，朝廷派使者率领一万多荆州士兵，分几路去讨伐巫蛮许圣等人，把叛军打得大败。许圣等人请求投降，朝廷把他们全部迁徙到江夏安置。
阴皇后生性十分善妒，随着时间推移，皇帝对她的宠爱渐渐减少，她心里充满怨恨。阴皇后的外祖母邓朱经常出入皇宫，有人告发说阴皇后和邓朱一起搞巫蛊邪术。皇帝派中常侍张慎和尚书陈褒彻查此事，结果认定她们犯了大逆不道之罪。邓朱的两个儿子邓奉、邓毅，还有阴皇后的弟弟阴辅，都在狱中被拷打致死。六月辛卯日，阴皇后被废，迁居到桐宫，最终因忧愁过度去世。她的父亲、特进阴纲自杀，弟弟阴轶、阴敞以及邓朱的家属都被流放到日南郡的比景。
秋天七月壬子日，常山殇王刘侧去世，由于他没有儿子，朝廷立他哥哥防子侯刘章为常山王。
有三个州发生了大水灾，洪水淹没农田、房屋，百姓生活陷入困境。
班超长期在遥远的西域边疆任职，年纪大了十分思念故乡，他上书朝廷请求回去，说：“我不敢奢望能回到酒泉郡，只希望活着进入玉门关。我特意派儿子班勇跟随安息国的进贡队伍进入塞内，趁我还活着，让班勇能亲眼看看中原故土。”然而，朝廷很久都没有答复。班超的妹妹班昭（曹大家）上书说：“蛮夷生性叛逆，
正月，朝廷派大将军左校尉耿夔给于除鞬授予印绶，又让中郎将任尚带着符节，像以前对待南单于那样，率军驻守伊吾，保护于除鞬。
早些时候，庐江人周荣在袁安的官府里做事。袁安向朝廷弹劾窦宪、窦景兄弟，以及争议立北单于这些事，奏章都是周荣起草的。窦氏的门客、太尉府的属官徐齮非常痛恨周荣，威胁他说：“你帮袁公出谋划策，弹劾窦家。窦家的那些凶汉、刺客在城里到处都是，你可得小心了！”周荣却毫不畏惧，说：“我周荣出身江淮，能在官府任职已是幸运。就算被窦家害死，我也心甘情愿！”他还叮嘱妻子儿女：“要是我突然遭遇不测，不要给我收殓下葬，我希望用这微不足道的身躯，让朝廷醒悟。”
三月癸丑日，司徒袁安去世。闰月丁丑日，朝廷任命太常丁鸿为司徒。
夏天四月丙辰日，窦宪返回京城。
六月戊戌初一，发生了日食。丁鸿上书给皇帝说：“以前吕氏家族把持朝政，差点让皇位改了姓；汉哀帝、汉平帝末年，皇家宗庙都没人祭祀了。所以说，就算和皇帝关系像周公那样亲近，但没有相应的品德，也不能让他掌握大权。现在大将军窦宪虽然表面上想约束自己，不敢有僭越的行为，但天下各地的人，都害怕他，只听他的命令。刺史、二千石这样的官员刚被任命，要先去拜见他，请求通报接见，就算手里拿着皇帝给的符玺，接到尚书台的命令，也不敢马上赴任，有的人一等就是几十天。大家不把朝廷当回事，都去投靠私人势力，这说明皇上的威严减弱，下面的权力太大了。人在下面做违背常理的事，上天就会出现相应的征兆。就算阴谋藏得再深，神灵也能看透，还会通过天象发出警告，提醒皇帝。在坏事刚冒头时制止很容易，等事情闹大了再补救就难了。人们总是忽视小事，结果酿成大祸。因为讲恩情就不忍心教导，讲情义就不忍心割舍，可等事情发生后，才明白当初该怎么做。上天必须刚健，不然日月星三光就不明朗；皇帝必须强势，不然下面的官员就会肆意妄为。应该趁着这次日食大变，改革政治，纠正失误，来回应上天的警示。”
丙辰日，十三个郡国发生了地震。接着又遭遇旱灾和蝗灾。
窦宪父子兄弟都在朝廷担任卿、校等重要官职，势力遍布朝廷。穰侯邓叠、邓叠的弟弟步兵校尉邓磊，还有他们的母亲元，窦宪的女婿射声校尉郭举，郭举的父亲长乐少府郭璜，这些人相互勾结。元、郭举经常出入皇宫，郭举还得到太后的宠爱，他们竟然合谋要杀害皇帝。皇帝暗中知道了他们的阴谋。当时，窦宪兄弟独揽大权，皇帝和朝廷内外的大臣都没办法亲近交流，身边只有宦官陪着。皇帝觉得朝廷上下的人都依附窦宪，只有中常侍钩盾令郑众做事谨慎机敏、心思缜密，不投靠权贵，于是就和郑众商量要杀掉窦宪。因为窦宪当时在外地，皇帝担心他起兵叛乱，所以一直忍着没动手。正好窦宪和邓叠回到京城。
清河王刘庆很受皇帝宠爱，经常能进宫在宫里过夜。皇帝准备动手铲除窦氏，想要看《外戚传》，但又怕身边的人是窦氏的眼线，不敢派人去拿，就让刘庆私下找千乘王借来，夜里悄悄送进宫。皇帝还让刘庆传话给郑众，让他查找以前类似的处理办法。
庚申日，皇帝来到北宫，下令让执金吾和五校尉带兵驻守南、北宫，关闭城门，逮捕了郭璜、郭举、邓叠、邓磊，把他们关进监狱处死。又派谒者仆射收回窦宪的大将军印绶，将他改封为冠军侯，让他和窦笃、窦景、窦瑰都回各自的封国。皇帝因为太后的缘故，不想公开处死窦宪，特意挑选严厉能干的封国丞相去监督他们。窦宪、窦笃、窦景回到封国后，都被逼自杀了。
之前，河南尹张酺多次依法惩治窦景。窦氏倒台后，张酺上书说：“窦宪他们得宠的时候，大臣们争着阿谀奉承，都说窦宪受了皇帝临终托付，有伊尹、姜子牙那样的忠心，甚至把窦太后比作周文王的母亲太姒。现在窦宪失势，大家又都说他该死，完全不管前后说法矛盾。我觉得夏阳侯窦瑰一直忠心善良，之前和我聊天，经常说要为国尽忠。他还约束自己的门客，没犯过法。我听说圣王处理亲属犯罪，有‘三宥’的原则，惩罚宁可轻一点，也别太重。现在有人想给窦瑰选个严厉的封国丞相，我担心这样会把他逼得走投无路，他恐怕难以保命。应该对他宽大处理，彰显皇上的厚德。”皇帝被他的话打动，窦瑰因此得以保全性命。窦氏家族和门客中，因为窦宪的关系做官的，都被免官，打发回原籍。
班固的奴仆曾经喝醉后辱骂洛阳令种兢，种兢借着逮捕审讯窦氏门客的机会，把班固抓进监狱，班固死在了狱中。班固生前写《汉书》，还没写完，皇帝下诏让班固的妹妹、曹寿的妻子班昭接着把书写完。
华峤评论说：班固写史书叙事，既不过分渲染，也不刻意压抑，内容丰富又不杂乱，详细又有条理，让人读起来爱不释手，确实配得上他的名声！不过班固批评司马迁的观点和圣人不符，可他自己写的评论，却常常贬低为气节而死的人，否定正直的行为，也不宣扬杀身成仁的美好品德，可见他轻视仁义、不看重守节到了什么程度！
当初窦宪娶妻，全国各地的郡国都派人送礼庆贺。汉中郡也打算派官员去。户曹李合劝太守说：“窦将军是皇后的亲戚，不注重品德修养，还独断专行、骄横放肆，他的灭亡很快就会到来。希望您一心忠于朝廷，别和他来往。”太守非要派人去，李合拦不住，就请求自己去，太守答应了。李合一路上故意走走停停，观察形势变化，走到扶风的时候，窦宪就被打发回封国了。凡是和窦宪有来往的官员都被免了职，只有汉中太守没有受到牵连。
皇帝封袁安的儿子袁赏为郎官，任隗的儿子任屯为步兵校尉，郑众升任大长秋。皇帝论功行赏时，郑众每次都推辞，只接受很少的赏赐，皇帝因此觉得他很贤能，经常和他讨论国家大事。从此，宦官开始参与朝政。
秋天七月己丑日，太尉宋由因为和窦氏是同党，被皇帝下诏书免职，宋由自杀。八月辛亥日，司空任隗去世。癸丑日，朝廷任命大司农尹睦为太尉。太傅邓彪因为年老多病，交还了掌管朝廷机要的职权，皇帝下诏同意，让尹睦代替邓彪兼管尚书事务。冬天十月己亥日，朝廷任命宗正刘方为司空。
武陵、零陵、澧中一带的蛮人发动叛乱。护羌校尉邓训去世，官员、百姓，还有羌人、胡人，每天几千人从早到晚来吊唁。有的羌人、胡人甚至用刀割自己的身体，还杀掉自家的狗、马、牛、羊，说：“邓使君死了，我们也不想活了！”以前归附的乌桓官兵都跑到路上痛哭，城里都空了。官吏想拦住他们，他们不听。官吏把这事报告给校尉徐傿，徐傿感叹说：“这是为了情义啊！”就把他们放了。大家还家家户户给邓训立祠庙，以后谁要是生病了，就去邓训的祠庙祈祷求福。
蜀郡太守聂尚接替邓训担任护羌校尉，他想用恩惠感化羌人，就派翻译去劝说迷唐，让他回到大、小榆谷居住。迷唐回来后，派祖母卑缺去拜见聂尚，聂尚亲自把卑缺送到边塞，还举办送别仪式，又让翻译田汜等五人护送卑缺回部落。没想到迷唐马上就反叛了，联合其他部落把田汜等人杀了，还把尸体分割，用他们的血盟誓，再次侵犯金城塞。聂尚因此被免职。
永元五年， 癸巳年（公元93年）
春天正月乙亥日，皇帝在明堂祭祀祖宗，登上灵台观察天象，随后大赦天下。
戊子日，千乘贞王刘伉去世。
辛卯日，皇帝封自己的弟弟刘万岁为广宗王。
甲寅日，太傅邓彪离世。
戊午日，陇西发生地震。
夏天四月壬子日，朝廷重新册封阜陵殇王的哥哥刘鲂为阜陵王。
九月辛酉日，广宗王刘万岁去世，因为他没有儿子，所以封国被取消。
之前窦宪立了于除鞬为北单于，还想帮他回到北匈奴的旧地，可窦宪被杀后，这件事就搁置了。于除鞬自己反叛，又向北逃走，皇帝下诏派将兵长史王辅带领一千多骑兵，和任尚一起去追击讨伐，最终杀了于除鞬，消灭了他的部众。耿夔打败北匈奴后，鲜卑族趁机迁移，占据了北匈奴原来的地盘。当时，留在原地的匈奴人还有十多万部落，他们都自称鲜卑，从此，鲜卑族逐渐强大起来。
冬天十月辛未日，太尉尹睦去世。
十一月乙丑日，太仆张酺被任命为太尉。张酺和尚书张敏等人上奏说：“射声校尉曹褒，擅自制定汉朝的礼仪制度，破坏了正统的学术，应该处以刑罚。”他们一共上了五次奏章。皇帝知道张酺只死守旧学问，不懂变通，虽然没有批准他们的奏请，但曹褒制定的汉礼也没能推行下去。
这一年，武陵郡的军队打败了反叛的蛮人，让他们归降。梁王刘畅和随从官员卞忌通过祭祀祈求福气，卞忌等人讨好刘畅说：“神灵说大王您将来会成为天子。”刘畅还回应了他们。这件事被有关部门知道后上奏给皇帝，建议把刘畅抓到诏狱审讯。皇帝没有同意，只是削去了刘畅封国中的成武、单父两个县。刘畅又惭愧又害怕，上书狠狠地责备自己说：“我生性狂妄愚蠢，不懂规矩，犯了死罪，本应被公开处死。陛下您圣德浩荡，法外施恩赦免了我。我知道这样的宽大不会再有第二次，以后一定严格约束自己和家人，不再有越轨行为，也不会随意浪费钱财。封国的租税收入有剩余，我请求只保留睢阳、穰熟、虞、蒙、宁陵五个县的食邑，退还其他四个县。我有三十七位小妾，没有孩子的，愿意让她们回娘家。我会挑选二百个谨慎老实的奴婢留下，其他的虎贲卫士、骑官，还有各种工匠、乐师、奴仆、兵器、马匹等，都归还给官府。我作为皇室近亲，扰乱了国家教化，玷污了清正风气，如今能保住性命，实在没脸再住在大宫殿里，享受大国的食邑，拥有众多官员，存放各种财物，希望陛下开恩答应我的请求。”皇帝下诏书好言安慰，没有同意他的请求。
护羌校尉贯友派翻译去离间各个羌人部落，用财物诱惑他们，羌人部落因此瓦解。接着，贯友派兵出塞，在大、小榆谷攻打迷唐，斩杀、俘虏八百多人，收获几万斛麦子。然后在逢留大河两岸修筑城堡，建造大船和河桥，打算渡河攻打迷唐。迷唐只好率领部落远远地迁徙，到赐支河曲一带居住。
匈奴单于顿屠何去世，单于宣的弟弟安国被立为单于。安国以前做左贤王的时候，没什么好名声。等他做了单于，前单于适的儿子左谷蠡王师子按顺序升为左贤王。师子向来勇敢机智，有谋略，前单于宣和屯屠何都欣赏他的果敢，多次派他带兵出塞攻打北匈奴，回来后给他丰厚赏赐，皇帝对他也特别优待。所以匈奴国内的人都敬重师子，不拥护安国，安国就想杀掉师子。那些新投降的胡人，之前在塞外多次被师子驱赶掠夺，大多怨恨他。安国就和这些投降的胡人合谋，想除掉师子。师子察觉到了他们的阴谋，就搬到五原郡界内单独居住，每次匈奴王庭开会，师子就称病不去。度辽将军皇甫棱知道这件事后，也保护师子，不让他去，单于安国因此更加愤怒。
永元六年（公元94年）
春天正月，皇甫棱被免职，朝廷让执金吾朱徽代理度辽将军。当时，单于安国和中郎将杜崇关系不好，安国就上书控告杜崇。杜崇却暗示西河太守扣下了安国的奏章，让安国没办法把自己的想法告诉皇帝。于是，杜崇和朱徽一起上书说：“南单于安国疏远旧部胡人，亲近新投降的人，还想杀掉左贤王师子和左台且渠刘利等人；而且，右部投降的人，谋划一起胁迫安国起兵反叛，请西河、上郡、安定等地做好防备。”皇帝把这件事交给公卿大臣们讨论，大家都认为：“蛮夷之人反复无常，虽然难以预测他们的想法，但我们大军集结，他们应该不敢轻易行动。现在应该派有谋略的使者去单于王庭，和杜崇、朱徽以及西河太守一起，观察匈奴的动静。如果没有变故，可以让杜崇等人在王庭会见安国和他的大臣，追究那些横行霸道、危害边疆的人，共同惩处罪犯。要是他们不听从命令，就见机行事，等事情结束后，再进行适当赏赐，这样也足以威慑各个蛮夷部落。”皇帝采纳了这个建议，朱徽和杜崇就发兵到匈奴王庭。安国夜里听说汉军来了，十分惊恐，扔下营帐逃跑了。随后他起兵想杀师子，师子提前得知消息，带着全部人马进入曼柏城。安国追到城下，城门紧闭，进不去。朱徽派官员去劝说他们和解，安国不听。攻城不成，安国就带兵驻扎在五原。杜崇、朱徽又征调各郡骑兵紧急追击，匈奴众人非常恐慌。安国的舅舅骨都侯喜为等人担心自己会被牵连诛杀，就杀了安国，拥立师子为亭独尸逐侯鞮单于。
己卯日，司徒丁鸿去世。
二月丁未日，司空刘方被任命为司徒，太常张奋被任命为司空。
夏天五月，城阳怀王刘淑去世，因为没有儿子，他的封国被取消。
西域都护班超展现出非凡的军事才能和领导力。他征调龟兹、鄯善等八个国家的军队，一共七万多人，去讨伐焉耆。大军抵达焉耆城下后，班超把焉耆王广、尉犁王泛等人引诱到陈睦故城，将他们斩杀，并把首级送到京城。接着，班超的军队在当地进行清扫，斩杀了五千多人，俘虏一万五千人，还重新立焉耆左侯元孟为焉耆王。班超在焉耆停留了半年，安抚当地百姓。经过这次行动，西域五十多个国家都送质子到汉朝，表示臣服，就连远在四万里外、要经过多重翻译才能沟通的国家，也来进贡，西域地区在班超的努力下，与汉朝的联系更加紧密。
南单于师子即位后，五六百个投降的胡人在夜里袭击师子，安集掾王恬带领卫士迎战，打败了叛军。但这一袭击引发了连锁反应，十五个部落的二十多万人都起来反叛，他们胁迫前单于屯屠何的儿子薁鞬日逐王逢侯为单于。叛军烧杀抢掠，焚烧邮亭和营帐，带着辎重前往朔方，打算越过沙漠向北逃窜。九月癸丑日，朝廷任命光禄勋邓鸿代理车骑将军，和越骑校尉冯柱、代理度辽将军朱徽一起，率领左右羽林军、北军五校士兵，以及各郡国善于射箭的士卒和边疆守军，同时乌桓校尉任尚率领乌桓、鲜卑的军队，总共四万人去讨伐叛军。当时，南单于师子和中郎将杜崇驻扎在牧师城，逢侯率领一万多骑兵包围了他们。冬天十一月，邓鸿等人到达美稷，逢侯才撤围离开，前往满夷谷。南单于派儿子率领一万骑兵，和杜崇的四千骑兵，与邓鸿等人在大城塞追击逢侯，斩杀四千多人。任尚率领鲜卑、乌桓的军队在满夷谷截击逢侯，又大败叛军，前后一共斩杀一万七千多人。最后，逢侯率领部众逃出塞外，汉军无法继续追击，只能撤回。
朝廷任命大司农陈宠为廷尉。陈宠生性仁慈，经常审议疑难案件，每次都依据经典，力求宽大处理，当时严苛的司法风气因此有所改善。
皇帝想让尚书令江夏人黄香担任东郡太守，黄香推辞说：“我治理郡县的能力不足，不适合担任这个职务。恳请陛下让我留在京城做个闲职，或者给我一个小差事，让我处理朝廷中的繁杂事务。”皇帝于是把黄香继续留在尚书令的职位上，还给他增加俸禄，让他享受二千石的待遇，对他十分亲近和重用。黄香也勤恳地处理各种事务，为公事操心就像为家事操心一样。
永元七年（公元95年）
春天正月，邓鸿等人率领的军队返回朝廷，冯柱则带领虎牙营留在五原驻守。邓鸿因为作战时停留不前、战事失利，被关进监狱，最终处死。后来皇帝了解到，朱徽和杜崇没能与胡人保持友好关系，还禁止胡人上书申诉，这才导致胡人反叛，于是将朱徽和杜崇召回，打入大牢，二人也被处死。
到了夏天四月辛亥初一，出现了日食现象。秋天七月乙巳日，易阳发生地裂。九月癸卯日，京城发生地震。乐成王刘党因为犯了杀人罪，他的封国被削去东光、鄡两个县。
永元八年（公元96年）
春天二月，贵人阴氏被立为皇后。阴皇后是阴识的曾孙女。
夏天四月癸亥日，乐成靖王刘党去世。他的儿子哀王刘崇继位，但很快也离世了，而且没有子嗣，于是乐成国被撤销。
五月，河内和陈留地区闹起了蝗灾。南匈奴右温禺犊王乌居战反叛，逃出边塞。秋天七月，度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱带兵追击，打败了叛军，将剩余的部众以及其他投降的胡人两万多人，迁移到安定和北地安置。
西域这边也不太平，东师后部王涿鞮反叛，攻打前部王尉毕大，还抓走了尉毕大的妻子儿女。九月，京城也遭遇了蝗灾。
冬天十月乙丑日，北海王刘威，因为被查出不是齐敬王的亲生儿子，还犯了诽谤罪，最终自杀。十二月辛亥日，陈敬王刘羡去世。丁巳日，南宫的宣室殿发生火灾。
护羌校尉贯友去世后，汉阳太守史充接替他的职位。史充到任后，就征调湟中的羌人和胡人，出兵塞外攻打迷唐。没想到迷唐迎战，打败了史充的军队，斩杀数百人。史充因此被召回治罪，代郡太守吴祉又接替了护羌校尉一职。
永元九年（公元97年）
春天三月庚辰日，陇西发生地震。癸巳日，济南安王刘康去世。西域长史王林攻打车师后王，并将其斩杀。
夏天四月丁卯日，朝廷封乐成王刘党的儿子刘巡为乐成王。五月，皇后的父亲、屯骑校尉阴纲被封为吴防侯，以特进的身份回家休养。
六月，出现了干旱和蝗灾。
秋天八月，鲜卑侵犯肥如，辽东太守祭参因为作战失利，被关进监狱处死。
闰月辛巳日，皇太后窦氏去世。当初梁贵人死后，宫廷里的事情一直保密，没人知道皇帝是梁贵人所生。舞阴公主的儿子梁扈，派堂兄梁襃给太尉、司徒、司空三府上奏，说按照汉朝旧例，应该尊崇皇帝生母，可梁贵人亲自养育了皇帝，却没得到尊号，希望能重新商议这件事。太尉张酺向皇帝汇报后，皇帝感动哀伤了很久，问张酺该怎么办。张酺建议追封尊号，并重用梁贵人的兄弟们。皇帝采纳了这个建议。这时，梁贵人的姐姐、南阳樊调的妻子梁嫕也上书为自己鸣冤，说父亲梁竦冤死狱中，尸骨未葬，母亲年过七十，弟弟梁棠等人远在他乡，生死未卜，希望能让父亲尸骨还乡，让母亲和弟弟回到家乡。皇帝召见梁嫕后，才知道梁贵人含冤而死的详情。三公上奏，建议按照光武帝废除吕太后尊号的旧例，贬去窦太后的尊号，而且不应让她与先帝合葬，很多官员也纷纷上书支持。但皇帝亲自下诏说：“窦氏虽然不遵守法度，但太后生前常常自我约束。我侍奉太后十年，深思大义，按照礼法，臣子不能有贬低尊长的行为，从恩情上我不忍心与太后分离，从道义上也不忍心损害她的名誉。参考前朝，上官太后也没有被降黜，这件事就不要再讨论了。”丙申日，窦太后被安葬，谥号为章德皇后。
烧当羌的迷唐率领八千部众侵犯陇西，胁迫塞内各个羌人部落，集结了三万步兵和骑兵，打败了陇西的汉军，还杀了大夏县长。皇帝下诏，派代理征西将军刘尚、越骑校尉赵世为副将，带领汉军、羌人、胡人共三万人前去讨伐。刘尚驻扎在狄道，赵世驻扎在枹罕，刘尚派司马寇盱监督各郡军队，从四面会合。迷唐害怕了，带着老弱病残逃到临洮南。刘尚等人追到高山，大破迷唐军队，斩杀俘虏一千多人，但汉军死伤也不少，无法继续追击，只能撤回。
九月庚申日，司徒刘方被皇帝下诏书免职，他随后自杀。甲子日，皇帝追尊梁贵人为皇太后，谥号恭怀，并按丧制为她服丧。冬天十月乙酉日，将梁太后和她的姐姐大贵人改葬在西陵。樊调被提升为羽林左监。皇帝追封并谥号皇太后的父亲梁竦为褒亲愍侯，派使者迎回他的灵柩，安葬在恭怀皇后陵墓旁，还把梁竦的妻子儿女接回京城。梁竦的儿子梁棠被封为乐平侯，梁棠的弟弟梁雍被封为乘氏侯，梁雍的弟弟梁翟被封为单父侯，他们都被授予特进的职位，得到的赏赐数以万计，一时之间无比荣耀，梁氏家族从此兴盛起来。
清河王刘庆这才敢请求去祭扫生母宋贵人的坟墓，皇帝答应了他的请求，还下诏让太官一年四季提供祭祀用品。刘庆流着泪说：“我活着的时候没能侍奉母亲，如今死后能奉祭她，心愿已足！”他本想修建祠堂，但又担心会有和恭怀梁太后攀比的嫌疑，所以不敢说出口，常常对着身边的人哭泣，把这件事当作终身遗憾。后来他上书说外祖母王氏年事已高，希望能到洛阳治病。皇帝于是下诏让宋氏一家都回到京城，还任命刘庆的舅舅宋衍、宋俊、宋盖、宋暹等人做了郎官。
十一月癸卯日，光禄勋、河南人吕盖被任命为司徒。
十二月丙寅日，司空张奋被罢免。壬申日，太仆韩棱被任命为司空。
西域都护定远侯班超，派属官甘英出使大秦（罗马帝国）和条支。甘英一路向西，走到西海（今波斯湾），这些地方都是前人从未到过的。他详细了解了当地的风土人情，还带回了各种珍奇物品的传说。当甘英走到安息西部边界，临近大海准备渡海时，船夫告诉他：“这片海域太辽阔了，顺风的时候，往来需要三个月才能渡过；要是遇到逆风，有的人甚至要两年。所以出海的人，都要带上三年的粮食。而且在海上容易让人思乡，很多人因此死去。”甘英听后，只好停止前行。
永元十年（公元98年）
夏天五月，京城遭遇大水灾。秋天七月己巳日，司空韩棱去世。八月丙子日，太常、泰山人巢堪被任命为司空。冬天十月，五个州都下了大雨，引发水灾。
代理征西将军刘尚、越骑校尉赵世，因为作战畏缩怯懦被召回，关进监狱后被免职。谒者王信接管刘尚的军队，驻扎在枹罕；谒者耿谭接管赵世的军队，驻扎在白石。耿谭设置奖赏，吸引了不少羌人部落前来归附。迷唐害怕了，就请求投降，王信和耿谭于是接受投降，撤回军队。十二月，迷唐等人率领部众到京城进贡。
戊寅日，梁节王刘畅去世。当初，居巢侯刘般去世后，他的儿子刘恺本应继承爵位，但刘恺声称这是父亲的遗愿，要把爵位让给弟弟刘宪，然后离家逃走，躲了很长时间。有关部门上奏，请求取消刘恺的封国。汉肃宗赞赏他的仁义之举，特别宽容对待，可刘恺还是不肯出来。十多年后，有关部门再次上奏此事，侍中贾逵上书说：“孔子说‘能以礼让治国，还有什么困难呢’。有关部门不体谅刘恺乐于行善的心意，却用常规法律来约束他，这样恐怕不利于弘扬谦让的风气，形成包容的教化。”皇帝采纳了贾逵的建议，下诏说：“国家法律鼓励善行，成全美好的品德，准许刘宪继承爵位。但这是特殊情况，以后不能以此为例。”随后征召刘恺，任命他为郎官。
永元十一年（公元99年）
南单于师子去世后，单于长的儿子檀继位，称为万氏尸逐鞮单于。
这年夏天四月丙寅日，皇帝大赦天下，很多犯人因此得到了改过自新的机会。
在一次朝会时，皇帝把众多儒者召集起来，让中大夫鲁丕与侍中贾逵、尚书令黄香等人，就一些学术问题展开辩论。鲁丕的观点和论述很受皇帝认可，朝会结束后，皇帝还特意赏赐了他衣帽。鲁丕趁机上书说：“我听说讲解经典，是传承先师的言论，不是自己随意发挥，所以在学术讨论时不能相互谦让。一旦谦让，道理就讲不清楚了，就像规矩和权衡不能歪曲一样。辩论时，提出质疑的人一定要讲清依据，回答问题的人要确立自己的观点，那些华而不实的空话就不要说了。这样一来，大家不用费太多精力思考，真理却能更加彰显。如果学术观点不同，就让大家各自阐述师门学说，广泛探讨其中的道理，不要让普通人因为发表见解而获罪，以免遗漏那些来自民间的真知灼见。”
永元十二年（公元100年）
夏天四月戊辰日，秭归发生山体崩塌，巨大的山石滚落，给当地带来不小的灾害。
秋天七月辛亥初一，出现了日食现象。
九月戊午日，太尉张酺被免职。丙寅日，朝廷任命大司农张禹为太尉。
烧当羌的首领迷唐之前入朝归降，此时他剩下的部众不到两千人，又饿又困，难以维持生计，便进入金城居住。皇帝下令让迷唐带领部众回到大、小榆谷，但迷唐觉得汉朝在那里修建了河桥，军队能随时过来，原来的地方不能再住了，还借口说部众饥饿，不肯远离。护羌校尉吴祉等人给了迷唐很多金银布帛，让他买粮食、牲畜，催促他出塞。可这样一来，羌人反而更加猜疑、惊恐。这一年，迷唐再次反叛，胁迫湟中的各个胡人部落，抢劫一番后逃离，王信、耿谭、吴祉都因此被召回治罪。
永元十三年（公元101年）
秋天八月己亥日，北宫的盛馔门阁发生火灾，熊熊大火吞噬了建筑，造成不小损失。
迷唐又回到赐支河曲，还带兵逼近边塞。护羌校尉周鲔与金城太守侯霸，联合各郡军队以及属国的羌人、胡人，总共三万人出兵塞外，抵达允川。侯霸率军打败了迷唐，他的部众四处逃散，有六千多人投降，这些人被分别安置到汉阳、安定、陇西。从此迷唐势力衰弱，他远远地越过赐支河源头，去投靠发羌居住。过了很久，迷唐病死，他的儿子前来归降，此时他们的部落实力大减，只剩下不满十户人家。
荆州地区雨水泛滥，给百姓生活和农业生产带来诸多困难。
冬天十一月丙辰日，皇帝下诏说：“幽州、并州、凉州人口本来就少，边境的徭役又繁重，品行端正的好官吏晋升之路十分狭窄。安抚外族，关键在于人才，现在规定边境各郡，人口十万以上的，每年推举一名孝廉；不满十万的，两年推举一人；五万以下的，三年推举一人。”
鲜卑侵犯右北平，接着又进入渔阳，不过被渔阳太守打败了。
戊辰日，司徒吕盖因为年老多病，辞去官职回家养老。
巫蛮许圣因为不满郡里税收不均，心中怨恨，于是发动叛乱。辛卯日，他们开始攻打南郡，当地局势变得紧张起来。
永元十四年（公元102年）
春天，安定郡归降的烧何种羌人反叛，但很快被郡里的军队消灭。当时，西海以及大、小榆谷一带没有了羌人的侵扰，隃麋相曹凤上书说：“自从建武年间以来，西羌人作乱，常常是烧当种带头。之所以这样，是因为他们居住的大、小榆谷土地肥沃，还有西海的渔业、盐业之利，又有大河作为天然屏障。而且，他们靠近塞内的其他羌人部落，很容易煽动作乱，却难以被攻打，所以能发展壮大，在各个羌人部落中称雄，凭借势力和勇猛，招揽引诱其他羌人、胡人一起闹事。现在烧当种衰落困顿，同伙和外援都没了，四处逃亡，远远地投靠发羌。我认为应该趁着这个时机，重新设立西海郡县，巩固大、小榆谷地区，广泛开展屯田。这样既能阻断羌人、胡人相互勾结的通道，又能杜绝他们作乱的念头。还能生产粮食充实边疆，减少物资运输的劳役，国家就不用担心西方边境的问题了。”皇帝采纳了他的建议，修缮原来的西海郡，把金城西部都尉调过去驻守，任命曹凤为金城西部都尉，驻扎在龙耆。后来又扩大屯田规模，在黄河两岸排列屯田点，一共有三十四个。这项事业眼看着就要成功了，不巧永初年间羌人再次反叛，屯田的事只好作罢。
三月戊辰日，皇帝到辟雍举行宴饮和射箭礼仪，并大赦天下。
夏天四月，朝廷派使者率领一万多荆州士兵，分几路去讨伐巫蛮许圣等人，把叛军打得大败。许圣等人请求投降，朝廷把他们全部迁徙到江夏安置。
阴皇后生性十分善妒，随着时间推移，皇帝对她的宠爱渐渐减少，她心里充满怨恨。阴皇后的外祖母邓朱经常出入皇宫，有人告发说阴皇后和邓朱一起搞巫蛊邪术。皇帝派中常侍张慎和尚书陈褒彻查此事，结果认定她们犯了大逆不道之罪。邓朱的两个儿子邓奉、邓毅，还有阴皇后的弟弟阴辅，都在狱中被拷打致死。六月辛卯日，阴皇后被废，迁居到桐宫，最终因忧愁过度去世。她的父亲、特进阴纲自杀，弟弟阴轶、阴敞以及邓朱的家属都被流放到日南郡的比景。
秋天七月壬子日，常山殇王刘侧去世，由于他没有儿子，朝廷立他哥哥防子侯刘章为常山王。
有三个州发生了大水灾，洪水淹没农田、房屋，百姓生活陷入困境。
班超长期在遥远的西域边疆任职，年纪大了十分思念故乡，他上书朝廷请求回去，说：“我不敢奢望能回到酒泉郡，只希望活着进入玉门关。我特意派儿子班勇跟随安息国的进贡队伍进入塞内，趁我还活着，让班勇能亲眼看看中原故土。”然而，朝廷很久都没有答复。班超的妹妹班昭（曹大家）上书说：“蛮夷生性叛逆，