开皇九年己酉（公元589年）
春季，正月初一（乙丑朔），陈后主（陈叔宝）召见群臣举行朝会。当时大雾弥漫，雾气吸入鼻腔，让人感觉又酸又辣。陈后主当场昏睡过去，直到傍晚时分才醒过来。
当天，隋将贺若弼从广陵率军渡过长江。此前，贺若弼用老弱的马匹大量收购陈朝的战船并藏起来，又买了五六十艘破旧船只，停在河道里。陈朝人窥探到后，以为隋朝没有像样的战船。贺若弼还请求，让长江沿岸的防守士兵每次换防时，都必须在广陵集中，届时大规模陈列旗帜，营帐布满原野。陈朝人以为隋朝大军要来进攻，急忙调兵防备，后来知道只是士兵换防，军队又散去；久而久之，陈朝人习以为常，不再设防。贺若弼还时常派兵在江边打猎，人马喧哗。因此，当贺若弼率军渡江时，陈朝人完全没有察觉。另一位隋将韩擒虎率领五百人，从横江连夜渡过长江，袭击采石矶，陈朝守军都喝醉了，隋军顺利攻克采石。晋王杨广（后来的隋炀帝）率领大军驻扎在六合镇的桃叶山。
正月初二（丙寅），采石守将徐子建派人骑马火速向朝廷报告军情危急；正月初三（丁卯），陈后主召集公卿大臣进宫商议军事。正月初四（戊辰），陈后主下诏书说：“北方的犬羊之辈（指隋朝）肆意侵犯，掠夺我国都城附近地区，就算是蜂蝎也有毒性，应当及时平定。我要亲自率领大军，肃清天下，朝廷内外都要进入戒严状态。”他任命骠骑将军萧摩诃、护军将军樊毅、中领军鲁广达同为都督，司空司马消难、湘州刺史施文庆同为大监军，派南豫州刺史樊猛率领水军从白下出发，散骑常侍皋文奏领兵镇守南豫州。还重新制定奖赏标准，连僧人、尼姑、道士都被征调服劳役。
正月初六（庚午），贺若弼攻克京口，活捉南徐州刺史黄恪。贺若弼的军队纪律严明，对百姓秋毫无犯，有士兵在民间买酒喝，贺若弼当即下令将其斩首。隋军俘获陈朝士兵六千多人，贺若弼全都释放，还发给他们粮食，安抚后遣送回去，又交给他们隋文帝的敕书，让他们分头向各地宣传。于是隋军所到之处，陈朝军民纷纷归附。
樊猛当时在都城建康，他的儿子樊巡代理南豫州事务。正月初七（辛未），韩擒虎进攻姑孰，仅用半天就攻克，活捉樊巡和他的家人。皋文奏兵败逃回建康。长江以南的百姓早就听说韩擒虎的威望和信誉，昼夜不停地到他军营门口拜见。
鲁广达的儿子鲁世真在新蔡，他和弟弟鲁世雄以及部下一起向韩擒虎投降，还派人送信劝父亲鲁广达投降。鲁广达当时正驻守建康，接到信后主动弹劾自己，到廷尉那里请罪；陈后主安慰了他，还额外赏赐黄金，让他回营驻守。樊猛和左卫将军蒋元逊率领八十艘青龙战船，在白下一带巡逻，防备六合的隋军；陈后主因为樊猛的妻子儿女都在隋军手中，担心他有二心，想让镇东大将军任忠代替他，让萧摩诃慢慢劝说樊猛。樊猛很不高兴，陈后主顾及他的情绪，只好作罢。
此时，贺若弼从北路进军，韩擒虎从南路进军，两路大军同时推进。长江沿岸的陈朝守军，看到隋军就纷纷逃走；贺若弼分兵截断曲阿的交通要道，继续深入。陈后主命令司徒豫章王陈叔英驻守朝堂，萧摩诃驻守乐游苑，樊毅驻守耆阇寺，鲁广达驻守白土冈，忠武将军孔范驻守宝田寺。正月十五（己卯），任忠从吴兴赶来救援，驻守朱雀门。
正月初七（辛未，此处时间或为前文顺延，疑为笔误），贺若弼进占钟山，驻扎在白土冈以东。晋王杨广派总管杜彦和韩擒虎合兵，两万步兵骑兵驻扎在新林。蕲州总管王世积率领水军从九江出发，在蕲口打败陈朝将领纪瑱，陈朝人非常恐慌，投降的人接连不断。晋王杨广把战况上奏隋文帝，隋文帝十分高兴，设宴赏赐群臣。
当时建康还有十多万精锐士兵，但陈后主一向胆小懦弱，不懂得军事，只是日夜哭泣，朝廷里的决策部署，全都交给施文庆。施文庆知道众将领都痛恨自己，担心他们立下战功，就向陈后主上奏说：“这些将领心怀不满，平时就不服从陛下，现在军情紧急，怎么能完全信任他们！”从此，将领们凡是有请示，大多得不到批准。
贺若弼进攻京口时，萧摩诃请求领兵迎战，陈后主不允许。等到贺若弼抵达钟山，萧摩诃又说：“贺若弼孤军深入，营垒壕沟还没修好，我们出兵突袭，一定能打败他。”陈后主还是不允许。陈后主召萧摩诃、任忠到内殿商议军事，任忠说：“兵法上讲，进攻的一方贵在速战，防守的一方贵在稳重。现在我国粮食充足、士兵众多，应当坚守台城（建康宫城），沿着淮河修筑栅栏，隋军即使来攻，也不和他们交战；分兵截断长江水路，不让他们互通消息。给我一万精锐士兵、三百艘金翅战船，顺江而下突袭六合，隋军大军一定会以为渡江的将士已经被俘，士气自然会受挫。淮南的百姓和我是老相识，现在听说我去，一定会纷纷跟随。我再扬言要去徐州，截断他们的退路，这样隋军不用攻打就会自行撤退。等春天江水上涨，上游周罗睺等人的大军一定会顺流而下赶来救援，这是个好计策啊。”陈后主没有采纳。第二天，他突然说：“战事拖了这么久没结果，让人心里烦，传萧郎（萧摩诃）出兵迎战。”任忠磕头苦苦劝阻，不让出战。孔范又上奏说：“请陛下下令决战，我要为陛下像窦宪击破匈奴那样，在燕然山刻石记功。”陈后主听从了孔范的建议，对萧摩诃说：“你替我打一仗！”萧摩诃说：“我历来领兵作战，都是为了国家和自己；今天这事，还要为妻子儿女考虑。”陈后主拿出大量金银绸缎分给军队，作为奖赏。正月二十（甲申），他让鲁广达在白土冈布阵，位于各军的最南边，任忠的军队在中间，樊毅、孔范的军队在北边，萧摩诃的军队在最北边。各军从南到北绵延二十里，首尾之间进退互不通报。
贺若弼率领轻骑兵登上山头，看到陈朝各军的布阵，就骑马冲下来，和部下七位总管（杨牙、员明等人）率领的八千士兵，摆好阵势等待陈军。陈后主和萧摩诃的妻子有私情，所以萧摩诃一开始就没有打仗的心思；只有鲁广达率领部下奋力作战，和贺若弼的军队势均力敌。隋军多次后退，贺若弼手下有二百七十三人战死，他下令放烟来遮蔽自己，才从困境中重新振作。陈朝士兵割下隋军士兵的头颅，都跑去献给陈后主求赏。贺若弼看出陈军骄傲懈怠，就率军猛攻孔范的阵地；孔范的军队刚一交战就逃走，陈朝其他军队看到后，骑兵和步兵大乱，溃散不止，战死五千人。员明活捉萧摩诃，把他送到贺若弼面前，贺若弼下令拉出去斩首。萧摩诃神色镇定，贺若弼就释放了他，还以礼相待。
任忠骑马冲进台城，见到陈后主，报告战败的情况，说：“陛下好自为之，我已经无能为力了！”陈后主给了他两箱黄金，让他招募人手出战。任忠说：“陛下只能准备船只，去上游投靠周罗睺等人的大军，我会拼死护送您。”陈后主相信了他，下令任忠出去部署，又让宫女收拾行装等待，却奇怪任忠过了很久都没回来。当时韩擒虎从新林进军，任忠已经率领几个骑兵在石子冈投降了隋军。领军将军蔡征驻守朱雀航（建康城南的浮桥），听说韩擒虎要来，手下士兵都害怕得溃散了。任忠引导韩擒虎的军队直接进入朱雀门，陈朝士兵想抵抗，任忠挥手说：“我都投降了，你们还打什么！”士兵们全都散去。于是建康城里的文武官员都逃走了，只有尚书仆射袁宪留在宫殿里，尚书令江总等几个人留在尚书省。陈后主对袁宪说：“我平时待你不如其他人好，现在只能追悔惭愧。不只是我没有德行，也是江南士大夫的气节都丧尽了！”
陈后主惊慌失措，想躲藏起来，袁宪严肃地说：“隋军进城后，一定不会伤害陛下。事情已经到了这一步，陛下躲起来又能去哪里！我希望陛下整理好衣冠，坐在正殿上，依照梁武帝接见侯景的旧例（保持君主尊严）。”陈后主不听，走下坐榻逃跑，说：“刀剑之下可不能硬扛，我自有办法！”他带着十多个宫女从后堂景阳殿跑出去，想跳进井里。袁宪苦苦劝阻，他不听；后阁舍人夏侯公韵用身体挡住井口，陈后主和他争执了很久，才得以跳进井里。不久，隋军士兵探头往井里看，呼喊他，没有回应，就想往井里扔石头，这时才听到井里有叫声；士兵们用绳子把他拉上来，惊讶于他的重量，拉上来后，才发现他和张贵妃、孔贵嫔捆在一起。沈皇后（陈后主的皇后）却像平时一样居住在宫殿里，毫无慌乱。太子陈深当时十五岁，闭门静坐，舍人孔伯鱼在旁边侍奉。隋军士兵敲门进来，陈深平静地坐着，安抚他们说：“你们行军路上辛苦，不用这么劳累！”士兵们都向他致敬。当时在健康的陈朝宗室王侯有一百多人，陈后主担心他们发动叛乱，把他们都召进宫里，让他们驻守朝堂，派豫章王陈叔英统领他们，又暗中防备他们。等到台城失守，这些宗室王侯一起出来投降。
贺若弼乘胜追击到乐游苑，鲁广达还在率领残余士兵苦战不止，杀死、俘获隋军数百人。恰逢天色傍晚，鲁广达才卸下铠甲，面向台城（陈朝宫城）拜了两拜，放声痛哭，对士兵们说：“我没能挽救国家，罪过太深了！”士兵们都泪流满面、抽噎不止，随后鲁广达被隋军活捉。陈朝各宫门的守卫全都逃走，贺若弼连夜烧毁北掖门进城，听说韩擒虎已经抓获陈叔宝，就派人把陈叔宝叫来查看。陈叔宝惶恐不安，浑身冒汗、双腿发抖，向贺若弼拜了两拜。贺若弼对他说：“小国的君主面对大国的公卿，下拜是合乎礼仪的。你入朝后至少能封个归命侯（古代投降君主的封号），不用这么害怕。”但贺若弼后来又因功劳在韩擒虎之后而感到羞耻，和韩擒虎互相辱骂，甚至拔剑要动手；他还想让蔡征替陈叔宝写投降文书，让陈叔宝坐骡车归附自己，这事最终没成。贺若弼把陈叔宝安置在德教殿，派兵守卫。
高颎（原文“飃”为笔误）先进入建康，他的儿子高德弘是晋王杨广的记室（掌管文书的官员）。杨广派高德弘骑马赶到高颎住处，让他留下张丽华。高颎说：“从前姜太公蒙面斩了妲己，现在怎么能留下张丽华！”于是在青溪把张丽华杀了。高德弘回去报告，杨广脸色大变，说：“古人说‘没有恩德不会得到回报’，我一定会报复高公！”从此杨广就怨恨高颎。
正月二十二日（丙戌），晋王杨广进入建康。他认为施文庆接受朝廷重任却不忠诚，刻意谄媚讨好来蒙蔽君主；沈客卿加重赋税搜刮百姓来取悦上级，两人和太市令阳慧朗、刑法监徐析、尚书都令史暨慧都是祸害百姓的人，于是把他们斩在石阙下，以此向三吴地区（今江苏南部、浙江北部一带）百姓谢罪。杨广让高颎和元帅府记室裴矩收缴陈朝的地图户籍，封存府库，自己一点财物都不拿，天下人都称赞他，认为他贤明。裴矩是裴让之的侄子。
杨广因为贺若弼提前决战，违背了军令，把他抓起来交给司法官员处置。隋文帝派人骑驿马召贺若弼，还下诏对杨广说：“平定江南，是贺若弼和韩擒虎的功劳。”赏赐贺若弼一万段丝织品；又分别给贺若弼和韩擒虎下诏，表扬他们的功绩。
开府仪同三司王颁是王僧辩的儿子。夜里，他挖开陈高祖（陈霸先）的陵墓，焚烧尸骨取骨灰，兑水喝了下去。随后他把自己绑起来，到晋王杨广那里请罪。杨广把这事上报隋文帝，隋文帝下令赦免了他。隋文帝还下诏，陈高祖、陈世祖（陈蒨）、陈高宗（陈顼）的陵墓，总共安排五户人家负责看守。
隋文帝派人把陈朝灭亡的消息告诉许善心（陈朝旧臣），许善心穿着丧服，在宫殿西阶下号啕大哭，坐在草席上向东（陈朝故地方向）守了三天。隋文帝下敕书慰问他。第二天，隋文帝又下诏召许善心到馆舍，任命他为通直散骑常侍，赏赐一套衣服。许善心哭到极尽哀伤，进房换上官服，再出来面向北方站立，流着泪拜了两拜接受诏书。第三天他去上朝，趴在殿下哭泣，悲痛得站不起来。隋文帝对身边的人说：“我平定陈国，只得到这一个忠臣。他能怀念旧君，就是我忠诚的大臣啊。”下令让许善心以原官职在门下省任职。
陈朝水军都督周罗睺和郢州刺史荀法尚驻守江夏，秦王杨俊率领三十位总管、十多万水陆大军驻扎在汉口，无法前进，双方对峙了一个多月。陈朝荆州刺史陈慧纪派南康内史吕忠肃驻守岐亭，占据巫峡，在长江北岸的岩石上凿孔，系上三条铁锁链，横截上游江面来阻拦隋军战船。吕忠肃还拿出自己的全部家产充当军费。杨素、刘仁恩率军猛攻，打了四十多场仗，吕忠肃凭借险要地势奋力抵抗，隋军战死五千多人，陈军士兵割下隋军死者的鼻子来邀功请赏。后来隋军多次获胜，抓获陈军士兵后，三次都把他们释放了。吕忠肃放弃营栅逃走，杨素慢慢拆除了铁锁链；吕忠肃又占据荆门的延洲，杨素派一千名巴地士兵，乘坐四艘五牙战船（大型战船），用拍竿（战船上的大型攻击器械）砸坏陈军十多艘战船，最终大败陈军，俘虏两千多名士兵，吕忠肃只自己逃了出去。陈朝信州刺史顾觉驻守安蜀城，弃城逃走。陈慧纪驻守公安，把储备的物资全部烧毁，率军东下，从此巴陵以东再没有坚守的城池。陈慧纪率领三万将士、一千多艘楼船，沿长江东下，想进京救援建康，却被秦王杨俊阻拦，无法前进。当时，陈朝晋熙王陈叔文刚卸任湘州刺史，返回建康途中到了巴州，陈慧纪推举陈叔文当盟主。但陈叔文已经率领巴州刺史毕宝等人写信向杨俊请降，杨俊派人迎接慰问他们。恰逢建康平定，晋王杨广让陈叔宝亲手写信招降上游各将领，派樊毅到周罗睺那里，派陈慧纪的儿子陈正业到陈慧纪那里传达旨意。当时各城守军都已放下武器，周罗睺就和将领们大规模哭吊了三天，遣散士兵，然后到杨俊那里投降，陈慧纪也投降了，上游地区全部平定。杨素率军向下抵达汉口，和杨俊会合。王世积在蕲口，听说陈朝已经灭亡，写信招降江南各郡，于是江州司马黄偲弃城逃走，豫章等郡的太守都到王世积那里投降。
正月二十九日（癸巳），隋文帝下诏派使者巡视安抚陈朝原来的州郡。二月初一（乙未），撤销淮南行台省（杨广之前的办公机构）。苏威上奏请求每五百家设置一个乡正，让乡正管理百姓、处理诉讼。李德林认为：“当初废除乡官判案，就是因为乡官和同乡人亲近熟悉，判断案件不公正。现在让乡正专门管理五百家，恐怕危害更大。况且偏远的小县，有的住户不到五百家，难道要让两个县共管一个乡吗！”隋文帝不听。二月初二（丙申），隋文帝颁布制度：“五百家为一乡，设置乡正一人；一百家为一里，设置里长一人。”
陈朝吴州刺史萧瓛很得民心，陈朝灭亡后，吴地百姓推举萧瓛当首领。右卫大将军、武川人宇文述率领行军总管元契、张默言等人讨伐他。落丛公燕荣率领水军从东海赶来。陈朝永新侯陈君范从晋陵投奔萧瓛，两人合兵抵抗宇文述。宇文述的军队快到的时候，萧瓛在晋陵城东修筑营栅，留下士兵抵抗宇文述，派部将王褒驻守吴州，自己从义兴进入太湖，想偷袭宇文述的后方。宇文述进军攻破营栅，回兵攻击萧瓛，大败萧瓛；又派兵从其他道路袭击吴州，王褒穿着道士服弃城逃走。萧瓛率领残余士兵退守包山，燕荣攻破包山。萧瓛带着几个亲信藏在百姓家里，被人抓住。宇文述进军到奉公埭，陈朝东扬州刺史萧岩献出会稽投降，萧岩和萧瓛都被押送到长安，斩首示众。
杨素攻下荆门时，派部将庞晖率军攻占土地，向南打到湘州。湘州城里的将士，没有谁有坚守的决心。湘州刺史、岳阳王陈叔慎当时十八岁，设宴召集文武官员。酒喝到尽兴时，陈叔慎叹息说：“君臣之间的情义，难道就要在这里结束了吗！”长史谢基趴在地上流泪。湘州助防、遂兴侯陈正理也在座，他站起来说：“君主受辱，臣子就该去死，各位难道不是陈国的大臣吗！现在天下危难，正是我们舍命报国的时候。就算事情不能成功，至少也能保住臣子的气节。到了青门外（汉代长安东门，代指投降之地），我宁死也不投降！今天的机会，不能犹豫，谁后响应就斩谁！”众人都答应了。于是他们杀牲结盟，还派人假装向庞晖献上投降书。庞晖相信了，约定日期进城，陈叔慎埋伏好士兵等待他。庞晖一到，就被抓住示众，他的部下也全被斩首。陈叔慎坐在射堂，招集士兵，几天之内就聚集了五千人。衡阳太守樊通、武州刺史邬居业都请求起兵援助他。隋朝任命的湘州刺史薛胄正好率军赶到，和行军总管刘仁恩一起进攻陈叔慎；陈叔慎派部将陈正理和樊通抵抗，战败。薛胄乘胜进城，活捉陈叔慎。刘仁恩在横桥打败邬居业，也把他活捉了。两人都被押送到秦王杨俊那里，在汉口斩首。
岭南地区还没有归附隋朝，几个郡共同推举高凉郡太夫人冼氏当首领，称她为“圣母”，冼氏保卫境内，抵抗隋军。隋文帝下诏派柱国韦洸等人安抚岭南，陈朝豫章太守徐璒占据南康抵抗，韦洸等人无法前进。晋王杨广派陈叔宝给冼夫人写信，告诉她陈朝已经灭亡，让她归附隋朝。冼夫人召集几千名部落首领，哭了一整天，派她的孙子冯魂率领部众迎接韦洸。韦洸进军斩杀徐璒，进入岭南，抵达广州，劝说岭南各州归附，全部平定；韦洸上表推荐冯魂为仪同三司，隋文帝册封冼夫人为宋康郡夫人。韦洸是韦敻的儿子。
衡州司马任镶劝说都督王勇占据岭南，寻找陈氏皇族子孙，立为皇帝；王勇没有采纳，率领部下投降隋朝，任镶弃官离去。任镶是任忠弟弟的儿子。
至此，陈国全境平定。隋朝共得到三十个州、一百个郡、四百个县。隋文帝下诏，将建康的城邑、宫殿全部拆毁开垦为农田，另在石头城设置蒋州。
晋王杨广率军班师，留下王韶镇守石头城，把后续事务托付给他。三月初六（己巳），陈叔宝和他的王公大臣、各级官员从建康出发，前往长安。队伍中无论贵贱，沿途连绵五百里不断。隋文帝下令暂时腾出长安士民的住宅接待他们，内外修整一新，还派人迎接慰问；陈朝人到了长安，如同回到家乡一样安稳。夏季四月十八日（辛亥），隋文帝亲临骊山，亲自慰劳凯旋的军队。四月十二日（乙巳，此处时间或为史料记载顺序调整），各路大军凯旋入城，到太庙举行献俘仪式。陈叔宝和诸王侯将相，以及陈朝的车马服饰、天文图籍等，按次序排列，由铁甲骑兵包围着，跟随晋王杨广、秦王杨俊入宫，在太庙庭院中列阵。隋文帝任命杨广为太尉，赏赐他辂车、战马、衮冕礼服、玄圭、白璧。四月十三日（丙午），隋文帝坐在广阳门观礼，召陈叔宝到面前，连同陈朝太子、诸王共二十八人，以及司空司马消难以下至尚书郎等官员共二百多人。隋文帝先让纳言宣读诏书慰问他们；接着让内史令宣读诏书，责备他们君臣不能互相辅佐，最终导致国家灭亡。陈叔宝和他的大臣们都羞愧恐惧地趴在地上，屏住呼吸无法回应，随后隋文帝赦免了他们。
当初，隋文帝的父亲武元帝（杨忠）迎接司马消难（北齐降将）时，曾和他结为兄弟，感情非常深厚，隋文帝也一直以叔父之礼对待司马消难。等到平定陈国，司马消难被俘到长安，隋文帝特意免他一死，罚他做乐户（乐工），二十天后又赦免了他，还因旧日恩情召见他；不久司马消难在家中去世。
四月十七日（庚戌），隋文帝在广阳门设宴款待将士，从广阳门外到南城门外，道路两侧堆积着布帛，连绵不绝。隋文帝按功劳大小赏赐将士，总共用了三百多万段布帛。他还下令，陈国旧境百姓免除十年赋税徭役，其他各州免除当年租赋。
乐安公元谐上前说：“陛下威望德行远播天下，臣之前请求让突厥可汗当候正（负责侦察的官员），让陈叔宝当令史（低级文书官），现在可以采纳臣的建议了。”隋文帝说：“我平定陈国，本是为了铲除叛逆，不是想炫耀夸张。你这个提议，完全不符合我的心意。突厥人不熟悉中原山川，怎么能担任侦察任务；陈叔宝昏庸嗜酒，又怎么能胜任差遣！”元谐默默退下。
四月二十八日（辛酉），隋文帝晋升杨素爵位为越公，任命他的儿子杨玄感为仪同三司，杨玄奖为清河郡公；赏赐杨素一万段布帛、一万石粮食。隋文帝让贺若弼登上自己的御座，赏赐他八千段布帛，加授上柱国职位，晋升爵位为宋公。还分别额外赏赐两人金银珠宝，以及陈叔宝的妹妹作为妾室。
贺若弼和韩擒虎在隋文帝面前争夺功劳。贺若弼说：“臣在蒋山拼死作战，打败陈朝精锐部队，活捉他们的勇猛将领，彰显朝廷威武，最终平定陈国；韩擒虎几乎没有和敌军交战，怎么能和臣相比！”韩擒虎说：“臣原本奉陛下明确旨意，让臣和贺若弼同时合兵攻取陈朝都城，贺若弼却敢提前进军，遇到敌军就交战，导致将士死伤很多。臣率领五百轻骑兵，兵不血刃就直达金陵，降服任忠（字蛮奴），活捉陈叔宝，占据陈朝府库，捣毁他们的巢穴。贺若弼到傍晚才攻打北掖门，是臣打开城门让他进来的。他赎罪都来不及，怎么能和臣相比！”隋文帝说：“两位将领都是头等功勋。”于是晋升韩擒虎为上柱国，赏赐八千段布帛。有关部门弹劾韩擒虎放纵士兵，奸淫陈朝宫女；韩擒虎因此没有得到爵位和封地的赏赐。
隋文帝晋升高颎为上柱国，爵位升为齐公，赏赐九千段布帛。他慰劳高颎说：“你讨伐陈国后，有人说你谋反，我已经把那人斩了。君臣心意相合，不是小人谗言能离间的。”隋文帝随口让高颎和贺若弼谈论平定陈国的事情，高颎说：“贺若弼先献上十条计策，后来又在蒋山苦战打败敌军。臣只是个文官，怎么敢和大将比功劳！”隋文帝大笑，赞赏他懂得谦让。
隋文帝讨伐陈国时，曾让高颎向上仪同三司李德林询问战略，再把策略传授给晋王杨广；到这时，隋文帝赏赐李德林功劳，任命他为柱国，封为郡公，赏赐三千段布帛。敕令已经宣布完毕，有人劝高颎说：“现在把功劳归于李德林，众将领一定会愤慨不满，而且后世看你，会觉得你只是空有虚名。”高颎进宫把这话告诉隋文帝，才停止了对李德林的封赏。
隋文帝任命秦王杨俊为扬州总管，掌管四十四州军事，镇守广陵。晋王杨广返回并州。
晋王杨广之前处死陈朝五位奸佞（施文庆等人）时，不清楚都官尚书孔范、散骑常侍王瑳、王仪、御史中丞沈瓘的罪行，所以他们得以幸免；等到达长安后，他们的罪行全部暴露。五月初四（乙未），隋文帝公布他们的罪状，把他们流放到边疆，以此向吴、越地区百姓谢罪。王瑳为人刻薄贪婪，嫉妒陷害有才能的人；王仪擅长阿谀奉承，曾献上两名美女来谋求亲近；沈瓘阴险残忍、苛刻严酷，说话邪僻谄媚，所以三人被判同样的罪。
隋文帝给陈叔宝的赏赐很丰厚，多次召见他，让他享受和三品官员同等的待遇；每次设宴，隋文帝担心陈叔宝触景生情，特意不演奏吴地音乐。后来负责看守陈叔宝的人上奏说：“陈叔宝说，‘我既然没有官职爵位，每次参加朝会，希望能得到一个官号。’”隋文帝说：“陈叔宝真是全无心肝！”看守的人又说：“陈叔宝经常喝醉，很少有清醒的时候。”隋文帝问：“他每天喝多少酒？”回答说：“他和子弟们每天喝一石酒。”隋文帝很惊讶，下令限制他的饮酒量，不久又说：“随他的性子吧；不然，他靠什么打发日子！”隋文帝因为陈氏子弟很多，担心他们在京城作乱，就把他们分散安置在边疆各州，分给他们田地产业让他们谋生，每年按时赏赐衣服，保障他们的安全。
隋文帝下诏，任命陈朝尚书令江总为上开府仪同三司，仆射袁宪、骠骑将军萧摩诃、领军将军任忠都为开府仪同三司，吏部尚书、吴兴人姚察为秘书丞。隋文帝赞赏袁宪的高尚节操，下诏称赞他是江南士人的表率，任命他为昌州刺史。隋文帝听说陈朝散骑常侍袁元友曾多次向陈叔宝直言进谏，提拔他为主爵侍郎。隋文帝对群臣说：“平定陈国之初，我后悔没有杀掉任蛮奴（任忠字）。他接受陈国的荣华俸禄，又承担重要托付，却不能战死报国，反而说‘无能为力’，这和春秋时弘演为卫懿公纳肝尽忠比起来，差距多大啊！”
隋文帝召见周罗睺，安慰晓谕他，许诺给予他富贵。周罗睺流着泪回答说：“臣蒙受陈氏的厚待，如今本国灭亡，我没有保全节操的功绩。能免于一死，已经是陛下的恩赐，哪里还敢奢望富贵！”贺若弼对周罗睺说：“我听说你在郢州、汉水一带统兵，就知道扬州一定能攻下。朝廷大军顺利渡江，果然像我预料的那样。”周罗睺说：“如果能和你正面交锋，胜负还不一定呢。”不久，隋文帝任命周罗睺为上仪同三司。此前，陈朝将领羊翔前来投降，讨伐陈国时，羊翔被派作向导，战后职位升为上开府仪同三司，班次在周罗睺之上。韩擒虎在朝堂上戏弄周罗睺说：“你不懂随机应变，现在职位在羊翔之下，能不惭愧吗！”周罗睺说：“从前在江南时，我久闻你的名声，以为你是天下有气节的人；今天你说的话，太让我失望了。”韩擒虎面露愧色。
隋文帝责备陈朝君臣时，唯独陈叔文（陈朝宗室）面露得意之色。不久他又上奏表为自己辩解：“从前在巴州时，我已经率先向朝廷投诚，希望陛下了解这个情况，给我不同于其他人的待遇！”隋文帝虽然厌恶他不忠，但想安抚江南地区，还是任命他为开府仪同三司，担任宜州刺史。
当初，陈朝散骑常侍韦鼎出使北周时，见到隋文帝，觉得他与众不同，对隋文帝说：“您将来会显贵，显贵后天下会统一，过十二年（岁一周天），老夫会来归顺您。”到陈朝至德初年（陈叔宝年号），韦鼎担任大府卿，把自己的田地住宅全部卖掉。大匠卿毛彪问他原因，韦鼎说：“江东的帝王之气，到这时候就散尽了！我和你将来都会葬在长安。”等到陈国平定，隋文帝征召韦鼎，任命他为上仪同三司。韦鼎是韦睿的孙子。
五月二十九日（壬戌），隋文帝下诏说：“如今天下统一，万物各得其所；太平盛世的法令，才可推行。所有臣民都要修养身心、砥砺品德，家家户户自我整治，人人都能克制私欲。军队可用来树立威严，但不可不收敛；刑罚能辅助教化，却不可独断施行。皇宫禁地的守卫、四方边境的镇守之外，其他军队和武器，都应停止使用、予以废除。天下已安定，各地无战事，军人子弟都可学习儒家经典；民间的兵器，全部销毁。向天下颁布此诏，让所有人都明白我的意思。”
贺若弼把自己谋划的平陈策略写成文书献上，取名《御授平陈七策》。隋文帝没看，说：“你想宣扬我的名声，我不求名声；你该把这些写进自家传记里。”贺若弼地位声望极高，兄弟都被封为郡公，担任刺史、将领，家中珍奇古玩数不胜数，穿着绫罗绸缎的婢妾有几百人，当时人都认为他极为荣耀。后来突厥使者来朝见，隋文帝对使者说：“你听说过江南有个陈国天子吗？”使者回答：“听说过。”隋文帝让侍从带突厥使者到韩擒虎面前，说：“这就是活捉陈国天子的人。”韩擒虎神色严厉地盯着使者，突厥使者惶恐不安，不敢抬头看他。
左卫将军庞晃等人在隋文帝面前说高颎的坏话，隋文帝发怒，把他们都贬官，对高颎的亲近礼遇更加深厚。他还对高颎说：“独孤公（高颎曾赐姓独孤）就像镜子，每次打磨擦拭，就更加明亮。”当初，高颎的父亲高宾是独孤信的下属，被赐姓独孤，所以隋文帝常称高颎为“独孤”而不叫他的名字。
乐安公元谐性格豪爽侠义，有气概风度。他年轻时和隋文帝是同学，感情很好，隋文帝即位后，元谐多次担任高官。但元谐
春季，正月初一（乙丑朔），陈后主（陈叔宝）召见群臣举行朝会。当时大雾弥漫，雾气吸入鼻腔，让人感觉又酸又辣。陈后主当场昏睡过去，直到傍晚时分才醒过来。
当天，隋将贺若弼从广陵率军渡过长江。此前，贺若弼用老弱的马匹大量收购陈朝的战船并藏起来，又买了五六十艘破旧船只，停在河道里。陈朝人窥探到后，以为隋朝没有像样的战船。贺若弼还请求，让长江沿岸的防守士兵每次换防时，都必须在广陵集中，届时大规模陈列旗帜，营帐布满原野。陈朝人以为隋朝大军要来进攻，急忙调兵防备，后来知道只是士兵换防，军队又散去；久而久之，陈朝人习以为常，不再设防。贺若弼还时常派兵在江边打猎，人马喧哗。因此，当贺若弼率军渡江时，陈朝人完全没有察觉。另一位隋将韩擒虎率领五百人，从横江连夜渡过长江，袭击采石矶，陈朝守军都喝醉了，隋军顺利攻克采石。晋王杨广（后来的隋炀帝）率领大军驻扎在六合镇的桃叶山。
正月初二（丙寅），采石守将徐子建派人骑马火速向朝廷报告军情危急；正月初三（丁卯），陈后主召集公卿大臣进宫商议军事。正月初四（戊辰），陈后主下诏书说：“北方的犬羊之辈（指隋朝）肆意侵犯，掠夺我国都城附近地区，就算是蜂蝎也有毒性，应当及时平定。我要亲自率领大军，肃清天下，朝廷内外都要进入戒严状态。”他任命骠骑将军萧摩诃、护军将军樊毅、中领军鲁广达同为都督，司空司马消难、湘州刺史施文庆同为大监军，派南豫州刺史樊猛率领水军从白下出发，散骑常侍皋文奏领兵镇守南豫州。还重新制定奖赏标准，连僧人、尼姑、道士都被征调服劳役。
正月初六（庚午），贺若弼攻克京口，活捉南徐州刺史黄恪。贺若弼的军队纪律严明，对百姓秋毫无犯，有士兵在民间买酒喝，贺若弼当即下令将其斩首。隋军俘获陈朝士兵六千多人，贺若弼全都释放，还发给他们粮食，安抚后遣送回去，又交给他们隋文帝的敕书，让他们分头向各地宣传。于是隋军所到之处，陈朝军民纷纷归附。
樊猛当时在都城建康，他的儿子樊巡代理南豫州事务。正月初七（辛未），韩擒虎进攻姑孰，仅用半天就攻克，活捉樊巡和他的家人。皋文奏兵败逃回建康。长江以南的百姓早就听说韩擒虎的威望和信誉，昼夜不停地到他军营门口拜见。
鲁广达的儿子鲁世真在新蔡，他和弟弟鲁世雄以及部下一起向韩擒虎投降，还派人送信劝父亲鲁广达投降。鲁广达当时正驻守建康，接到信后主动弹劾自己，到廷尉那里请罪；陈后主安慰了他，还额外赏赐黄金，让他回营驻守。樊猛和左卫将军蒋元逊率领八十艘青龙战船，在白下一带巡逻，防备六合的隋军；陈后主因为樊猛的妻子儿女都在隋军手中，担心他有二心，想让镇东大将军任忠代替他，让萧摩诃慢慢劝说樊猛。樊猛很不高兴，陈后主顾及他的情绪，只好作罢。
此时，贺若弼从北路进军，韩擒虎从南路进军，两路大军同时推进。长江沿岸的陈朝守军，看到隋军就纷纷逃走；贺若弼分兵截断曲阿的交通要道，继续深入。陈后主命令司徒豫章王陈叔英驻守朝堂，萧摩诃驻守乐游苑，樊毅驻守耆阇寺，鲁广达驻守白土冈，忠武将军孔范驻守宝田寺。正月十五（己卯），任忠从吴兴赶来救援，驻守朱雀门。
正月初七（辛未，此处时间或为前文顺延，疑为笔误），贺若弼进占钟山，驻扎在白土冈以东。晋王杨广派总管杜彦和韩擒虎合兵，两万步兵骑兵驻扎在新林。蕲州总管王世积率领水军从九江出发，在蕲口打败陈朝将领纪瑱，陈朝人非常恐慌，投降的人接连不断。晋王杨广把战况上奏隋文帝，隋文帝十分高兴，设宴赏赐群臣。
当时建康还有十多万精锐士兵，但陈后主一向胆小懦弱，不懂得军事，只是日夜哭泣，朝廷里的决策部署，全都交给施文庆。施文庆知道众将领都痛恨自己，担心他们立下战功，就向陈后主上奏说：“这些将领心怀不满，平时就不服从陛下，现在军情紧急，怎么能完全信任他们！”从此，将领们凡是有请示，大多得不到批准。
贺若弼进攻京口时，萧摩诃请求领兵迎战，陈后主不允许。等到贺若弼抵达钟山，萧摩诃又说：“贺若弼孤军深入，营垒壕沟还没修好，我们出兵突袭，一定能打败他。”陈后主还是不允许。陈后主召萧摩诃、任忠到内殿商议军事，任忠说：“兵法上讲，进攻的一方贵在速战，防守的一方贵在稳重。现在我国粮食充足、士兵众多，应当坚守台城（建康宫城），沿着淮河修筑栅栏，隋军即使来攻，也不和他们交战；分兵截断长江水路，不让他们互通消息。给我一万精锐士兵、三百艘金翅战船，顺江而下突袭六合，隋军大军一定会以为渡江的将士已经被俘，士气自然会受挫。淮南的百姓和我是老相识，现在听说我去，一定会纷纷跟随。我再扬言要去徐州，截断他们的退路，这样隋军不用攻打就会自行撤退。等春天江水上涨，上游周罗睺等人的大军一定会顺流而下赶来救援，这是个好计策啊。”陈后主没有采纳。第二天，他突然说：“战事拖了这么久没结果，让人心里烦，传萧郎（萧摩诃）出兵迎战。”任忠磕头苦苦劝阻，不让出战。孔范又上奏说：“请陛下下令决战，我要为陛下像窦宪击破匈奴那样，在燕然山刻石记功。”陈后主听从了孔范的建议，对萧摩诃说：“你替我打一仗！”萧摩诃说：“我历来领兵作战，都是为了国家和自己；今天这事，还要为妻子儿女考虑。”陈后主拿出大量金银绸缎分给军队，作为奖赏。正月二十（甲申），他让鲁广达在白土冈布阵，位于各军的最南边，任忠的军队在中间，樊毅、孔范的军队在北边，萧摩诃的军队在最北边。各军从南到北绵延二十里，首尾之间进退互不通报。
贺若弼率领轻骑兵登上山头，看到陈朝各军的布阵，就骑马冲下来，和部下七位总管（杨牙、员明等人）率领的八千士兵，摆好阵势等待陈军。陈后主和萧摩诃的妻子有私情，所以萧摩诃一开始就没有打仗的心思；只有鲁广达率领部下奋力作战，和贺若弼的军队势均力敌。隋军多次后退，贺若弼手下有二百七十三人战死，他下令放烟来遮蔽自己，才从困境中重新振作。陈朝士兵割下隋军士兵的头颅，都跑去献给陈后主求赏。贺若弼看出陈军骄傲懈怠，就率军猛攻孔范的阵地；孔范的军队刚一交战就逃走，陈朝其他军队看到后，骑兵和步兵大乱，溃散不止，战死五千人。员明活捉萧摩诃，把他送到贺若弼面前，贺若弼下令拉出去斩首。萧摩诃神色镇定，贺若弼就释放了他，还以礼相待。
任忠骑马冲进台城，见到陈后主，报告战败的情况，说：“陛下好自为之，我已经无能为力了！”陈后主给了他两箱黄金，让他招募人手出战。任忠说：“陛下只能准备船只，去上游投靠周罗睺等人的大军，我会拼死护送您。”陈后主相信了他，下令任忠出去部署，又让宫女收拾行装等待，却奇怪任忠过了很久都没回来。当时韩擒虎从新林进军，任忠已经率领几个骑兵在石子冈投降了隋军。领军将军蔡征驻守朱雀航（建康城南的浮桥），听说韩擒虎要来，手下士兵都害怕得溃散了。任忠引导韩擒虎的军队直接进入朱雀门，陈朝士兵想抵抗，任忠挥手说：“我都投降了，你们还打什么！”士兵们全都散去。于是建康城里的文武官员都逃走了，只有尚书仆射袁宪留在宫殿里，尚书令江总等几个人留在尚书省。陈后主对袁宪说：“我平时待你不如其他人好，现在只能追悔惭愧。不只是我没有德行，也是江南士大夫的气节都丧尽了！”
陈后主惊慌失措，想躲藏起来，袁宪严肃地说：“隋军进城后，一定不会伤害陛下。事情已经到了这一步，陛下躲起来又能去哪里！我希望陛下整理好衣冠，坐在正殿上，依照梁武帝接见侯景的旧例（保持君主尊严）。”陈后主不听，走下坐榻逃跑，说：“刀剑之下可不能硬扛，我自有办法！”他带着十多个宫女从后堂景阳殿跑出去，想跳进井里。袁宪苦苦劝阻，他不听；后阁舍人夏侯公韵用身体挡住井口，陈后主和他争执了很久，才得以跳进井里。不久，隋军士兵探头往井里看，呼喊他，没有回应，就想往井里扔石头，这时才听到井里有叫声；士兵们用绳子把他拉上来，惊讶于他的重量，拉上来后，才发现他和张贵妃、孔贵嫔捆在一起。沈皇后（陈后主的皇后）却像平时一样居住在宫殿里，毫无慌乱。太子陈深当时十五岁，闭门静坐，舍人孔伯鱼在旁边侍奉。隋军士兵敲门进来，陈深平静地坐着，安抚他们说：“你们行军路上辛苦，不用这么劳累！”士兵们都向他致敬。当时在健康的陈朝宗室王侯有一百多人，陈后主担心他们发动叛乱，把他们都召进宫里，让他们驻守朝堂，派豫章王陈叔英统领他们，又暗中防备他们。等到台城失守，这些宗室王侯一起出来投降。
贺若弼乘胜追击到乐游苑，鲁广达还在率领残余士兵苦战不止，杀死、俘获隋军数百人。恰逢天色傍晚，鲁广达才卸下铠甲，面向台城（陈朝宫城）拜了两拜，放声痛哭，对士兵们说：“我没能挽救国家，罪过太深了！”士兵们都泪流满面、抽噎不止，随后鲁广达被隋军活捉。陈朝各宫门的守卫全都逃走，贺若弼连夜烧毁北掖门进城，听说韩擒虎已经抓获陈叔宝，就派人把陈叔宝叫来查看。陈叔宝惶恐不安，浑身冒汗、双腿发抖，向贺若弼拜了两拜。贺若弼对他说：“小国的君主面对大国的公卿，下拜是合乎礼仪的。你入朝后至少能封个归命侯（古代投降君主的封号），不用这么害怕。”但贺若弼后来又因功劳在韩擒虎之后而感到羞耻，和韩擒虎互相辱骂，甚至拔剑要动手；他还想让蔡征替陈叔宝写投降文书，让陈叔宝坐骡车归附自己，这事最终没成。贺若弼把陈叔宝安置在德教殿，派兵守卫。
高颎（原文“飃”为笔误）先进入建康，他的儿子高德弘是晋王杨广的记室（掌管文书的官员）。杨广派高德弘骑马赶到高颎住处，让他留下张丽华。高颎说：“从前姜太公蒙面斩了妲己，现在怎么能留下张丽华！”于是在青溪把张丽华杀了。高德弘回去报告，杨广脸色大变，说：“古人说‘没有恩德不会得到回报’，我一定会报复高公！”从此杨广就怨恨高颎。
正月二十二日（丙戌），晋王杨广进入建康。他认为施文庆接受朝廷重任却不忠诚，刻意谄媚讨好来蒙蔽君主；沈客卿加重赋税搜刮百姓来取悦上级，两人和太市令阳慧朗、刑法监徐析、尚书都令史暨慧都是祸害百姓的人，于是把他们斩在石阙下，以此向三吴地区（今江苏南部、浙江北部一带）百姓谢罪。杨广让高颎和元帅府记室裴矩收缴陈朝的地图户籍，封存府库，自己一点财物都不拿，天下人都称赞他，认为他贤明。裴矩是裴让之的侄子。
杨广因为贺若弼提前决战，违背了军令，把他抓起来交给司法官员处置。隋文帝派人骑驿马召贺若弼，还下诏对杨广说：“平定江南，是贺若弼和韩擒虎的功劳。”赏赐贺若弼一万段丝织品；又分别给贺若弼和韩擒虎下诏，表扬他们的功绩。
开府仪同三司王颁是王僧辩的儿子。夜里，他挖开陈高祖（陈霸先）的陵墓，焚烧尸骨取骨灰，兑水喝了下去。随后他把自己绑起来，到晋王杨广那里请罪。杨广把这事上报隋文帝，隋文帝下令赦免了他。隋文帝还下诏，陈高祖、陈世祖（陈蒨）、陈高宗（陈顼）的陵墓，总共安排五户人家负责看守。
隋文帝派人把陈朝灭亡的消息告诉许善心（陈朝旧臣），许善心穿着丧服，在宫殿西阶下号啕大哭，坐在草席上向东（陈朝故地方向）守了三天。隋文帝下敕书慰问他。第二天，隋文帝又下诏召许善心到馆舍，任命他为通直散骑常侍，赏赐一套衣服。许善心哭到极尽哀伤，进房换上官服，再出来面向北方站立，流着泪拜了两拜接受诏书。第三天他去上朝，趴在殿下哭泣，悲痛得站不起来。隋文帝对身边的人说：“我平定陈国，只得到这一个忠臣。他能怀念旧君，就是我忠诚的大臣啊。”下令让许善心以原官职在门下省任职。
陈朝水军都督周罗睺和郢州刺史荀法尚驻守江夏，秦王杨俊率领三十位总管、十多万水陆大军驻扎在汉口，无法前进，双方对峙了一个多月。陈朝荆州刺史陈慧纪派南康内史吕忠肃驻守岐亭，占据巫峡，在长江北岸的岩石上凿孔，系上三条铁锁链，横截上游江面来阻拦隋军战船。吕忠肃还拿出自己的全部家产充当军费。杨素、刘仁恩率军猛攻，打了四十多场仗，吕忠肃凭借险要地势奋力抵抗，隋军战死五千多人，陈军士兵割下隋军死者的鼻子来邀功请赏。后来隋军多次获胜，抓获陈军士兵后，三次都把他们释放了。吕忠肃放弃营栅逃走，杨素慢慢拆除了铁锁链；吕忠肃又占据荆门的延洲，杨素派一千名巴地士兵，乘坐四艘五牙战船（大型战船），用拍竿（战船上的大型攻击器械）砸坏陈军十多艘战船，最终大败陈军，俘虏两千多名士兵，吕忠肃只自己逃了出去。陈朝信州刺史顾觉驻守安蜀城，弃城逃走。陈慧纪驻守公安，把储备的物资全部烧毁，率军东下，从此巴陵以东再没有坚守的城池。陈慧纪率领三万将士、一千多艘楼船，沿长江东下，想进京救援建康，却被秦王杨俊阻拦，无法前进。当时，陈朝晋熙王陈叔文刚卸任湘州刺史，返回建康途中到了巴州，陈慧纪推举陈叔文当盟主。但陈叔文已经率领巴州刺史毕宝等人写信向杨俊请降，杨俊派人迎接慰问他们。恰逢建康平定，晋王杨广让陈叔宝亲手写信招降上游各将领，派樊毅到周罗睺那里，派陈慧纪的儿子陈正业到陈慧纪那里传达旨意。当时各城守军都已放下武器，周罗睺就和将领们大规模哭吊了三天，遣散士兵，然后到杨俊那里投降，陈慧纪也投降了，上游地区全部平定。杨素率军向下抵达汉口，和杨俊会合。王世积在蕲口，听说陈朝已经灭亡，写信招降江南各郡，于是江州司马黄偲弃城逃走，豫章等郡的太守都到王世积那里投降。
正月二十九日（癸巳），隋文帝下诏派使者巡视安抚陈朝原来的州郡。二月初一（乙未），撤销淮南行台省（杨广之前的办公机构）。苏威上奏请求每五百家设置一个乡正，让乡正管理百姓、处理诉讼。李德林认为：“当初废除乡官判案，就是因为乡官和同乡人亲近熟悉，判断案件不公正。现在让乡正专门管理五百家，恐怕危害更大。况且偏远的小县，有的住户不到五百家，难道要让两个县共管一个乡吗！”隋文帝不听。二月初二（丙申），隋文帝颁布制度：“五百家为一乡，设置乡正一人；一百家为一里，设置里长一人。”
陈朝吴州刺史萧瓛很得民心，陈朝灭亡后，吴地百姓推举萧瓛当首领。右卫大将军、武川人宇文述率领行军总管元契、张默言等人讨伐他。落丛公燕荣率领水军从东海赶来。陈朝永新侯陈君范从晋陵投奔萧瓛，两人合兵抵抗宇文述。宇文述的军队快到的时候，萧瓛在晋陵城东修筑营栅，留下士兵抵抗宇文述，派部将王褒驻守吴州，自己从义兴进入太湖，想偷袭宇文述的后方。宇文述进军攻破营栅，回兵攻击萧瓛，大败萧瓛；又派兵从其他道路袭击吴州，王褒穿着道士服弃城逃走。萧瓛率领残余士兵退守包山，燕荣攻破包山。萧瓛带着几个亲信藏在百姓家里，被人抓住。宇文述进军到奉公埭，陈朝东扬州刺史萧岩献出会稽投降，萧岩和萧瓛都被押送到长安，斩首示众。
杨素攻下荆门时，派部将庞晖率军攻占土地，向南打到湘州。湘州城里的将士，没有谁有坚守的决心。湘州刺史、岳阳王陈叔慎当时十八岁，设宴召集文武官员。酒喝到尽兴时，陈叔慎叹息说：“君臣之间的情义，难道就要在这里结束了吗！”长史谢基趴在地上流泪。湘州助防、遂兴侯陈正理也在座，他站起来说：“君主受辱，臣子就该去死，各位难道不是陈国的大臣吗！现在天下危难，正是我们舍命报国的时候。就算事情不能成功，至少也能保住臣子的气节。到了青门外（汉代长安东门，代指投降之地），我宁死也不投降！今天的机会，不能犹豫，谁后响应就斩谁！”众人都答应了。于是他们杀牲结盟，还派人假装向庞晖献上投降书。庞晖相信了，约定日期进城，陈叔慎埋伏好士兵等待他。庞晖一到，就被抓住示众，他的部下也全被斩首。陈叔慎坐在射堂，招集士兵，几天之内就聚集了五千人。衡阳太守樊通、武州刺史邬居业都请求起兵援助他。隋朝任命的湘州刺史薛胄正好率军赶到，和行军总管刘仁恩一起进攻陈叔慎；陈叔慎派部将陈正理和樊通抵抗，战败。薛胄乘胜进城，活捉陈叔慎。刘仁恩在横桥打败邬居业，也把他活捉了。两人都被押送到秦王杨俊那里，在汉口斩首。
岭南地区还没有归附隋朝，几个郡共同推举高凉郡太夫人冼氏当首领，称她为“圣母”，冼氏保卫境内，抵抗隋军。隋文帝下诏派柱国韦洸等人安抚岭南，陈朝豫章太守徐璒占据南康抵抗，韦洸等人无法前进。晋王杨广派陈叔宝给冼夫人写信，告诉她陈朝已经灭亡，让她归附隋朝。冼夫人召集几千名部落首领，哭了一整天，派她的孙子冯魂率领部众迎接韦洸。韦洸进军斩杀徐璒，进入岭南，抵达广州，劝说岭南各州归附，全部平定；韦洸上表推荐冯魂为仪同三司，隋文帝册封冼夫人为宋康郡夫人。韦洸是韦敻的儿子。
衡州司马任镶劝说都督王勇占据岭南，寻找陈氏皇族子孙，立为皇帝；王勇没有采纳，率领部下投降隋朝，任镶弃官离去。任镶是任忠弟弟的儿子。
至此，陈国全境平定。隋朝共得到三十个州、一百个郡、四百个县。隋文帝下诏，将建康的城邑、宫殿全部拆毁开垦为农田，另在石头城设置蒋州。
晋王杨广率军班师，留下王韶镇守石头城，把后续事务托付给他。三月初六（己巳），陈叔宝和他的王公大臣、各级官员从建康出发，前往长安。队伍中无论贵贱，沿途连绵五百里不断。隋文帝下令暂时腾出长安士民的住宅接待他们，内外修整一新，还派人迎接慰问；陈朝人到了长安，如同回到家乡一样安稳。夏季四月十八日（辛亥），隋文帝亲临骊山，亲自慰劳凯旋的军队。四月十二日（乙巳，此处时间或为史料记载顺序调整），各路大军凯旋入城，到太庙举行献俘仪式。陈叔宝和诸王侯将相，以及陈朝的车马服饰、天文图籍等，按次序排列，由铁甲骑兵包围着，跟随晋王杨广、秦王杨俊入宫，在太庙庭院中列阵。隋文帝任命杨广为太尉，赏赐他辂车、战马、衮冕礼服、玄圭、白璧。四月十三日（丙午），隋文帝坐在广阳门观礼，召陈叔宝到面前，连同陈朝太子、诸王共二十八人，以及司空司马消难以下至尚书郎等官员共二百多人。隋文帝先让纳言宣读诏书慰问他们；接着让内史令宣读诏书，责备他们君臣不能互相辅佐，最终导致国家灭亡。陈叔宝和他的大臣们都羞愧恐惧地趴在地上，屏住呼吸无法回应，随后隋文帝赦免了他们。
当初，隋文帝的父亲武元帝（杨忠）迎接司马消难（北齐降将）时，曾和他结为兄弟，感情非常深厚，隋文帝也一直以叔父之礼对待司马消难。等到平定陈国，司马消难被俘到长安，隋文帝特意免他一死，罚他做乐户（乐工），二十天后又赦免了他，还因旧日恩情召见他；不久司马消难在家中去世。
四月十七日（庚戌），隋文帝在广阳门设宴款待将士，从广阳门外到南城门外，道路两侧堆积着布帛，连绵不绝。隋文帝按功劳大小赏赐将士，总共用了三百多万段布帛。他还下令，陈国旧境百姓免除十年赋税徭役，其他各州免除当年租赋。
乐安公元谐上前说：“陛下威望德行远播天下，臣之前请求让突厥可汗当候正（负责侦察的官员），让陈叔宝当令史（低级文书官），现在可以采纳臣的建议了。”隋文帝说：“我平定陈国，本是为了铲除叛逆，不是想炫耀夸张。你这个提议，完全不符合我的心意。突厥人不熟悉中原山川，怎么能担任侦察任务；陈叔宝昏庸嗜酒，又怎么能胜任差遣！”元谐默默退下。
四月二十八日（辛酉），隋文帝晋升杨素爵位为越公，任命他的儿子杨玄感为仪同三司，杨玄奖为清河郡公；赏赐杨素一万段布帛、一万石粮食。隋文帝让贺若弼登上自己的御座，赏赐他八千段布帛，加授上柱国职位，晋升爵位为宋公。还分别额外赏赐两人金银珠宝，以及陈叔宝的妹妹作为妾室。
贺若弼和韩擒虎在隋文帝面前争夺功劳。贺若弼说：“臣在蒋山拼死作战，打败陈朝精锐部队，活捉他们的勇猛将领，彰显朝廷威武，最终平定陈国；韩擒虎几乎没有和敌军交战，怎么能和臣相比！”韩擒虎说：“臣原本奉陛下明确旨意，让臣和贺若弼同时合兵攻取陈朝都城，贺若弼却敢提前进军，遇到敌军就交战，导致将士死伤很多。臣率领五百轻骑兵，兵不血刃就直达金陵，降服任忠（字蛮奴），活捉陈叔宝，占据陈朝府库，捣毁他们的巢穴。贺若弼到傍晚才攻打北掖门，是臣打开城门让他进来的。他赎罪都来不及，怎么能和臣相比！”隋文帝说：“两位将领都是头等功勋。”于是晋升韩擒虎为上柱国，赏赐八千段布帛。有关部门弹劾韩擒虎放纵士兵，奸淫陈朝宫女；韩擒虎因此没有得到爵位和封地的赏赐。
隋文帝晋升高颎为上柱国，爵位升为齐公，赏赐九千段布帛。他慰劳高颎说：“你讨伐陈国后，有人说你谋反，我已经把那人斩了。君臣心意相合，不是小人谗言能离间的。”隋文帝随口让高颎和贺若弼谈论平定陈国的事情，高颎说：“贺若弼先献上十条计策，后来又在蒋山苦战打败敌军。臣只是个文官，怎么敢和大将比功劳！”隋文帝大笑，赞赏他懂得谦让。
隋文帝讨伐陈国时，曾让高颎向上仪同三司李德林询问战略，再把策略传授给晋王杨广；到这时，隋文帝赏赐李德林功劳，任命他为柱国，封为郡公，赏赐三千段布帛。敕令已经宣布完毕，有人劝高颎说：“现在把功劳归于李德林，众将领一定会愤慨不满，而且后世看你，会觉得你只是空有虚名。”高颎进宫把这话告诉隋文帝，才停止了对李德林的封赏。
隋文帝任命秦王杨俊为扬州总管，掌管四十四州军事，镇守广陵。晋王杨广返回并州。
晋王杨广之前处死陈朝五位奸佞（施文庆等人）时，不清楚都官尚书孔范、散骑常侍王瑳、王仪、御史中丞沈瓘的罪行，所以他们得以幸免；等到达长安后，他们的罪行全部暴露。五月初四（乙未），隋文帝公布他们的罪状，把他们流放到边疆，以此向吴、越地区百姓谢罪。王瑳为人刻薄贪婪，嫉妒陷害有才能的人；王仪擅长阿谀奉承，曾献上两名美女来谋求亲近；沈瓘阴险残忍、苛刻严酷，说话邪僻谄媚，所以三人被判同样的罪。
隋文帝给陈叔宝的赏赐很丰厚，多次召见他，让他享受和三品官员同等的待遇；每次设宴，隋文帝担心陈叔宝触景生情，特意不演奏吴地音乐。后来负责看守陈叔宝的人上奏说：“陈叔宝说，‘我既然没有官职爵位，每次参加朝会，希望能得到一个官号。’”隋文帝说：“陈叔宝真是全无心肝！”看守的人又说：“陈叔宝经常喝醉，很少有清醒的时候。”隋文帝问：“他每天喝多少酒？”回答说：“他和子弟们每天喝一石酒。”隋文帝很惊讶，下令限制他的饮酒量，不久又说：“随他的性子吧；不然，他靠什么打发日子！”隋文帝因为陈氏子弟很多，担心他们在京城作乱，就把他们分散安置在边疆各州，分给他们田地产业让他们谋生，每年按时赏赐衣服，保障他们的安全。
隋文帝下诏，任命陈朝尚书令江总为上开府仪同三司，仆射袁宪、骠骑将军萧摩诃、领军将军任忠都为开府仪同三司，吏部尚书、吴兴人姚察为秘书丞。隋文帝赞赏袁宪的高尚节操，下诏称赞他是江南士人的表率，任命他为昌州刺史。隋文帝听说陈朝散骑常侍袁元友曾多次向陈叔宝直言进谏，提拔他为主爵侍郎。隋文帝对群臣说：“平定陈国之初，我后悔没有杀掉任蛮奴（任忠字）。他接受陈国的荣华俸禄，又承担重要托付，却不能战死报国，反而说‘无能为力’，这和春秋时弘演为卫懿公纳肝尽忠比起来，差距多大啊！”
隋文帝召见周罗睺，安慰晓谕他，许诺给予他富贵。周罗睺流着泪回答说：“臣蒙受陈氏的厚待，如今本国灭亡，我没有保全节操的功绩。能免于一死，已经是陛下的恩赐，哪里还敢奢望富贵！”贺若弼对周罗睺说：“我听说你在郢州、汉水一带统兵，就知道扬州一定能攻下。朝廷大军顺利渡江，果然像我预料的那样。”周罗睺说：“如果能和你正面交锋，胜负还不一定呢。”不久，隋文帝任命周罗睺为上仪同三司。此前，陈朝将领羊翔前来投降，讨伐陈国时，羊翔被派作向导，战后职位升为上开府仪同三司，班次在周罗睺之上。韩擒虎在朝堂上戏弄周罗睺说：“你不懂随机应变，现在职位在羊翔之下，能不惭愧吗！”周罗睺说：“从前在江南时，我久闻你的名声，以为你是天下有气节的人；今天你说的话，太让我失望了。”韩擒虎面露愧色。
隋文帝责备陈朝君臣时，唯独陈叔文（陈朝宗室）面露得意之色。不久他又上奏表为自己辩解：“从前在巴州时，我已经率先向朝廷投诚，希望陛下了解这个情况，给我不同于其他人的待遇！”隋文帝虽然厌恶他不忠，但想安抚江南地区，还是任命他为开府仪同三司，担任宜州刺史。
当初，陈朝散骑常侍韦鼎出使北周时，见到隋文帝，觉得他与众不同，对隋文帝说：“您将来会显贵，显贵后天下会统一，过十二年（岁一周天），老夫会来归顺您。”到陈朝至德初年（陈叔宝年号），韦鼎担任大府卿，把自己的田地住宅全部卖掉。大匠卿毛彪问他原因，韦鼎说：“江东的帝王之气，到这时候就散尽了！我和你将来都会葬在长安。”等到陈国平定，隋文帝征召韦鼎，任命他为上仪同三司。韦鼎是韦睿的孙子。
五月二十九日（壬戌），隋文帝下诏说：“如今天下统一，万物各得其所；太平盛世的法令，才可推行。所有臣民都要修养身心、砥砺品德，家家户户自我整治，人人都能克制私欲。军队可用来树立威严，但不可不收敛；刑罚能辅助教化，却不可独断施行。皇宫禁地的守卫、四方边境的镇守之外，其他军队和武器，都应停止使用、予以废除。天下已安定，各地无战事，军人子弟都可学习儒家经典；民间的兵器，全部销毁。向天下颁布此诏，让所有人都明白我的意思。”
贺若弼把自己谋划的平陈策略写成文书献上，取名《御授平陈七策》。隋文帝没看，说：“你想宣扬我的名声，我不求名声；你该把这些写进自家传记里。”贺若弼地位声望极高，兄弟都被封为郡公，担任刺史、将领，家中珍奇古玩数不胜数，穿着绫罗绸缎的婢妾有几百人，当时人都认为他极为荣耀。后来突厥使者来朝见，隋文帝对使者说：“你听说过江南有个陈国天子吗？”使者回答：“听说过。”隋文帝让侍从带突厥使者到韩擒虎面前，说：“这就是活捉陈国天子的人。”韩擒虎神色严厉地盯着使者，突厥使者惶恐不安，不敢抬头看他。
左卫将军庞晃等人在隋文帝面前说高颎的坏话，隋文帝发怒，把他们都贬官，对高颎的亲近礼遇更加深厚。他还对高颎说：“独孤公（高颎曾赐姓独孤）就像镜子，每次打磨擦拭，就更加明亮。”当初，高颎的父亲高宾是独孤信的下属，被赐姓独孤，所以隋文帝常称高颎为“独孤”而不叫他的名字。
乐安公元谐性格豪爽侠义，有气概风度。他年轻时和隋文帝是同学，感情很好，隋文帝即位后，元谐多次担任高官。但元谐